消費税の課税事業者から免税事業者へ戻る方法と注意点

2023年10月にインボイス制度が開始されて以来、多くの事業者が消費税の課税事業者と免税事業者の区分や、それぞれの事業者が取るべき対応について深く関心を持つようになりました。特に、これまで免税事業者だった方がインボイス制度を機に課税事業者となり、その後に改めて免税事業者に戻ることを検討するケースが増えています。

本記事では、消費税の課税事業者から免税事業者へ戻るための具体的な方法と、その際に生じる様々な注意点について、2025年現在の最新情報に基づき詳細に解説します。ご自身の事業にとって最適な選択をするための判断材料として、ぜひご活用ください。

課税事業者から免税事業者へ戻るメリット・デメリット

課税事業者から免税事業者へ戻る選択は、事業運営に大きな影響を及ぼします。税務上のメリットだけでなく、取引先との関係や事業の継続性に関わるデメリットも存在するため、慎重な検討が必要です。

免税事業者に戻る主なメリット

免税事業者に戻る最大のメリットは、やはり消費税の納税義務がなくなる点にあります。消費税の申告・納付が不要となるため、税負担が軽減され、手元資金が増加する可能性があります。特に、仕入れにかかる消費税が少ない、あるいは売上の大半が個人客や免税事業者である場合、このメリットは顕著に現れるでしょう。

また、消費税の申告書作成や帳簿付けといった税務事務の負担が大幅に軽減される点も大きな利点です。消費税に関する複雑な計算や書類作成に費やしていた時間と労力を、本業や事業の成長戦略に集中させることが可能になります。これにより、経理コストの削減にもつながるでしょう。

さらに、消費税の納税に備える必要がなくなるため、資金繰りの改善も期待できます。四半期ごとや中間申告時の資金流出を気にすることなく、事業資金を有効活用できるようになります。これは、特にキャッシュフローが不安定になりがちな中小企業や個人事業主にとって、経営の安定化に寄与する重要な要素となります。

2025年版の中小企業白書が指摘するように、中小企業は円安・物価高、人手不足といった厳しい環境に直面しており、経営の効率化は喫緊の課題です。消費税免除によるコスト削減と事務負担軽減は、これらの課題に対応し、事業の持続可能性を高める一助となり得ます。

免税事業者に戻る際の潜在的デメリット

免税事業者に戻ることで生じる最も大きなデメリットは、適格請求書（インボイス）の発行ができなくなる点です。これにより、取引先が課税事業者である場合、その取引先は免税事業者からの仕入れについて仕入税額控除を受けられなくなります。

この結果、取引先の税負担が増加するため、免税事業者への値下げ交渉や、最悪の場合、取引停止のリスクが生じる可能性があります。インボイス制度導入後も免税事業者のまま残る事業者との取引には、仕入税額控除の経過措置が設けられていますが、これは段階的に縮小していきます。具体的には、2023年10月～2026年9月は80%控除、2026年10月～2029年9月は50%控除とされ、2029年10月以降は控除ゼロとなります。この経過措置の終了を見据え、取引先の課税事業者からの要請に応じることが難しくなるでしょう。

また、適格請求書発行事業者としての登録を取り消すことは、一部の取引先から「消費税のルールに則っていない」と見なされ、事業の信頼度が低下する可能性もゼロではありません。特に、大企業や上場企業との取引が多い事業者は、免税事業者に戻ることで取引関係に悪影響を及ぼすリスクを十分に考慮する必要があります。

これらのデメリットは、主に課税事業者とのBtoB取引が多い事業者に強く影響します。取引先の構成をよく分析し、将来的な事業戦略と照らし合わせて判断することが重要です。

事業者区分変更が事業に与える影響の総合的判断

課税事業者から免税事業者へ戻るかどうかは、単に税金が安くなるか否かだけでなく、事業全体の戦略と将来の展望に基づいて総合的に判断すべきです。まず、現在の主要な取引先がどのような事業者区分に属しているかを把握することが不可欠です。取引先の大部分が消費者や免税事業者であれば、インボイス発行の必要性は低く、免税事業者に戻るメリットが大きいと考えられます。一方で、大半が課税事業者である場合は、デメリットが大きくなる可能性が高いでしょう。

次に、将来的な事業の成長戦略も考慮に入れる必要があります。例えば、今後、事業規模を拡大し、より多くの課税事業者との取引を目指すのであれば、一時的に免税事業者に戻ることで、将来的に再び課税事業者になる際の手間や、その間の取引上の不利益を考慮する必要があります。また、市場における競争環境や自社の強み・弱みも踏まえ、インボイス制度への対応が事業に与える影響を多角的に分析することが求められます。

インボイス制度の登録状況は国税庁の「適格請求書発行事業者公表サイト」で確認できますが、多くの事業者が登録している現状を考えると、インボイス発行能力はビジネスの標準となりつつあります。免税事業者に戻ることで、一部の新規取引機会を失う可能性も考慮し、機会損失のリスクも評価する必要があります。最終的には、税務専門家や中小企業診断士などと相談し、自社の事業特性に合わせた最適な判断を下すことが重要です。

課税事業者から免税事業者へ戻るための条件と手続き

課税事業者として一度登録された方が免税事業者に戻るためには、特定の条件を満たし、所定の手続きを行う必要があります。特にインボイス制度開始に伴い、その条件とタイミングはより複雑になっています。

免税事業者に戻るための主要な条件

免税事業者に戻るための基本的な条件は、その課税期間の基準期間における課税売上高が1,000万円以下であることです。この基準期間とは、原則として個人事業主の場合は前々年、法人の場合は前々事業年度を指します。

ただし、適格請求書発行事業者の登録を受けている場合は、この課税売上高の基準に関わらず、課税事業者として扱われます。つまり、課税売上高が1,000万円以下であっても、適格請求書発行事業者の登録を抹消しなければ免税事業者には戻れません。

また、「特定期間」における課税売上高または給与等支払額が1,000万円を超えていないことも条件の一つです。特定期間とは、個人事業主の場合その年の前年の1月1日から6月30日までの期間、法人の場合は前事業年度開始の日から6か月間の期間を指します。この特定期間の課税売上高等も免税事業者の判定基準となります。

さらに重要なのが、インボイス発行事業者として登録した時期によっては、「2年縛り」と呼ばれる制約があることです。これは、一度課税事業者を選択したり、インボイス発行事業者の登録をした場合、登録を取り消すまでに一定期間の経過が必要となるケースがあるため、注意が必要です。これらの条件を全て満たしているかを確認することが、手続きの第一歩となります。

必要な届出書とその提出方法

課税事業者から免税事業者に戻るためには、主に二種類の届出書を提出する必要があります。

1. 「適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める旨の届出書」

   これは、インボイス発行事業者としての登録を抹消するための書類です。インボイス制度を機に課税事業者になった方は、まずこの届出書を提出し、登録を取り消す必要があります。この届出書を提出しない限り、たとえ課税売上高が1,000万円以下であっても、課税事業者のままとなります。

2. 「消費税の納税義務者でなくなった旨の届出書」

   こちらは、課税事業者から免税事業者に戻るための、従来の消費税法に基づく手続きです。基準期間等の課税売上高が1,000万円以下となり、免税事業者となる場合に提出します。

これらの届出書は、所轄の税務署へ提出します。提出方法は、税務署の窓口への持参、郵送、e-Taxによる電子申告が利用可能です。特に提出期限が定められている場合があるため、余裕をもって準備し、確実に提出することが重要です。国税庁のウェブサイトから書式をダウンロードし、記入例を参考にしながら正確に記載しましょう。記入漏れや記載誤りがあると、手続きが遅れる原因となります。

戻るタイミングと「2年縛り」の詳細解説

免税事業者に戻れるタイミングは、課税事業者になった経緯や時期によって異なります。特に注意が必要なのが、「2年縛り」のルールです。

• 課税事業者選択届出書を提出して課税事業者になった場合：

  原則として、課税事業者を選択した課税期間の初日から2年が経過した日が含まれる課税期間の末日までは、課税事業者でなければなりません。例えば、2024年1月1日から課税事業者となった個人事業主の場合、2025年12月31日までの2年間は課税事業者であり続ける必要があります。その後、2026年1月1日以降の課税期間から免税事業者に戻れる可能性があります。

• インボイス発行事業者の登録により課税事業者になった場合（特に経過措置の特例を利用した場合）：

  2023年10月1日～2024年12月31日までの間にインボイス発行事業者の登録を受けた事業者は、登録日から2年を経過する日の属する課税期間の末日まで、課税事業者であり続ける必要があります。
  例えば、2024年1月1日に登録した場合、2026年3月31日まで課税事業者で、その後、基準期間の課税売上高が1,000万円以下であれば、2026年4月1日から免税事業者に戻れることになります（課税期間を4月1日～3月31日と仮定した場合）。

• 登録取消しの届出書の提出期限：

  登録を取り消し、免税事業者に戻りたい課税期間の初日の前日までに、「適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める旨の届出書」を提出する必要があります。この提出期限を過ぎてしまうと、希望するタイミングでの免税事業者への移行が遅れる可能性があります。例えば、2025年1月1日から免税事業者に戻りたい場合は、2024年12月31日までに届出書を提出する必要があります。

ご自身の登録時期や課税期間の開始日を正確に確認し、適切なタイミングで手続きを進めることが極めて重要です。複雑な場合は、税務署や税理士に相談することをお勧めします。

免税事業者に戻る際の申告と注意点

免税事業者に戻る手続きを進める上で、過去の課税事業者としての申告や、移行期間における会計処理には特に注意が必要です。また、取引先との関係性にも配慮が求められます。

課税事業者期間の消費税申告と確定申告

課税事業者から免税事業者へ移行する際には、最後の課税期間についての消費税申告を忘れずに行う必要があります。免税事業者に戻るからといって、それまでの課税期間の申告義務がなくなるわけではありません。

例えば、課税期間が1月1日から12月31日の個人事業主が2025年1月1日から免税事業者に戻る場合、2024年1月1日から12月31日までの課税期間に対する消費税申告は、2025年3月31日までに提出しなければなりません。この申告では、課税事業者として行った課税仕入れにかかる消費税の控除や、消費税還付の申請も可能です。

消費税の還付申告を行っていた場合、免税事業者に戻ることで還付金を受け取る権利はそのまま継続しますが、その後の課税期間では消費税が発生しないため、新たな還付はなくなります。また、消費税の申告には、消費税法に規定される様々な特例（例えば、簡易課税制度の適用など）が関係してくることがあります。これらの特例を適用していた場合は、免税事業者に戻る際に、その特例の適用要件や解除手続きについても確認が必要です。誤った申告は追徴課税や加算税の対象となるため、正確な情報に基づいた申告を心がけましょう。

棚卸資産の処理と消費税の調整

課税事業者から免税事業者へ移行する際に、特に注意が必要なのが、棚卸資産（商品や製品、原材料など）の処理です。課税事業者の期間中に仕入れた棚卸資産については、その仕入れ時に消費税を支払っており、仕入税額控除の対象として会計処理されています。

しかし、免税事業者に戻った時点では、それらの棚卸資産を販売しても消費税は課されません。このとき、課税期間の最終日に保有している棚卸資産については、一定の消費税調整が必要となる場合があります。具体的には、課税仕入れ等に係る消費税額の調整という制度があり、期末棚卸資産のうち、課税仕入れ等に係る消費税額から仕入税額控除の対象となった部分について、一部返還を求めるケースがあります。

これは、課税仕入れ時の消費税額が控除されたものの、その商品が課税売上に結びつかなかった（免税期間に販売された）ことによるバランス調整のためです。この調整は、特に多額の棚卸資産を抱えている事業所や、高額な設備投資を行った直後に免税事業者に戻る場合に、その影響が大きくなる可能性があります。会計処理のミスを防ぐためにも、税務署の相談窓口や税理士に具体的な仕訳や調整方法を確認することが賢明です。

取引先への周知と関係維持のポイント

免税事業者に戻ることを決めた場合、最もデリケートな問題の一つが取引先への周知と関係維持です。特に課税事業者である取引先にとっては、仕入税額控除が受けられなくなるという点で、税負担が増えることになります。

このため、免税事業者に戻ることを決定したら、できるだけ早く、そして丁寧な方法で取引先にその旨を伝えることが重要です。まずは、文書（書面やメール）で正式に通知し、必要であれば直接説明の機会を設けるべきでしょう。その際、免税事業者に戻る理由（例：課税売上高の減少、事務負担の軽減など）を簡潔に伝えつつ、インボイス制度の経過措置（2029年9月までは80%または50%の控除が可能）についても言及し、取引先への影響が段階的であることを理解してもらうよう努めましょう。

場合によっては、取引条件の見直し（価格交渉など）が必要となる可能性も考慮に入れる必要があります。強引な交渉は避け、互いの事業にとって最適な関係を継続できるよう、誠実な姿勢で話し合いに臨むことが、長期的な信頼関係の維持につながります。

中小企業庁の動向を見ても、厳しい経済環境下で取引先との協力関係は事業存続に不可欠です。透明性のある情報共有と柔軟な対応が、取引先との良好な関係を維持し、免税事業者に戻った後も安定した事業運営を継続するための鍵となります。

仕訳・届出書のポイント

課税事業者から免税事業者への移行は、会計処理や税務手続きに細心の注意を要します。特に、仕訳の変更点や届出書の正確な提出が重要となります。

消費税区分変更に伴う会計処理の注意点

課税事業者として消費税の申告を行っていた期間は、仕訳の際に「課税売上」「課税仕入れ」といった消費税区分を設定し、消費税額を分けて管理していました。しかし、免税事業者に戻ると、この消費税の会計処理方法が大きく変わります。

免税事業者となった後は、売上には消費税を含まないため「不課税売上」または「免税売上」として処理し、仕入れや経費についても消費税額を分離して計上する必要がなくなります。つまり、原則として消費税を意識しないシンプルな会計処理に戻ることになります。

もし、それまで税抜経理方式を採用していた場合、売上や仕入れを本体価格と消費税額に分けていたため、免税事業者移行後は、総額で計上する税込経理方式へと変更するか、あるいは税額を意識しない「不課税」または「免税」区分で処理することになります。

また、課税事業者期間の最終年度に未回収の売掛金や未払いの買掛金がある場合、それらに含まれる消費税の扱いは慎重に行う必要があります。会計ソフトを使用している場合は、消費税区分の設定を変更し、移行日以降の取引が適切に処理されるように調整することが不可欠です。具体的な仕訳例としては、課税期間中に仕入れた商品が免税期間中に販売された場合の消費税調整などが挙げられます。

主要な届出書の記載事項と提出期限

免税事業者に戻るために提出する主要な届出書は、前述の通り「適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める旨の届出書」と「消費税の納税義務者でなくなった旨の届出書」の2種類です。これらの届出書には、以下の情報などを正確に記載する必要があります。

• 納税地、氏名（名称）、屋号（法人名）
• マイナンバーまたは法人番号
• 登録番号（適格請求書発行事業者の登録取消し届出書の場合）
• 登録年月日（適格請求書発行事業者の登録取消し届出書の場合）
• 納税義務者でなくなった事実、その年月日（納税義務者でなくなった旨の届出書の場合）

特に重要なのは提出期限です。希望する課税期間から免税事業者に戻るためには、その課税期間の初日の前日までにこれらの届出書を提出しなければなりません。例えば、1月1日を課税期間の開始日とする場合、前年の12月31日までに提出する必要があります。この期限を過ぎると、希望するタイミングでの移行ができなくなり、さらに1年間課税事業者として過ごすことになる可能性があります。

提出漏れや記載ミスがないよう、提出前には必ず複数回確認し、不明点があれば税務署に問い合わせるか、税理士のチェックを受けることを強くお勧めします。e-Taxで提出する場合は、送信前に内容を最終確認する画面が用意されているため、活用しましょう。

税理士への相談や専門家活用の重要性

消費税の課税事業者から免税事業者へ戻る手続きは、一見するとシンプルに見えるかもしれませんが、事業の状況によっては非常に複雑な判断が求められる場合があります。特に、複数の事業を行っている場合、高額な設備投資を行っていた場合、または消費税還付を継続的に受けていた場合などは、単なる届出書の提出だけでは済まない可能性もあります。

このような複雑なケースや、ご自身で判断に迷う場合は、税務署の相談窓口や税理士などの専門家へ相談することが最も確実で安全な方法です。専門家は、個々の事業所の状況に合わせて、最適な免税事業者への移行時期、必要な届出書の正確な作成方法、棚卸資産の調整などの会計処理、そして何よりも事業に与える影響の総合的な評価とアドバイスを提供してくれます。

また、税法は頻繁に改正されるため、常に最新の情報を把握している専門家の知見は非常に価値があります。例えば、2025年度税制改正大綱で検討されている外国人旅行者向け消費税免税制度の見直しのように、直接的でなくとも消費税制度全体の変更点が、間接的に事業に影響を与える可能性もあります。

正確な手続きを行い、将来的なリスクを回避するためにも、専門家への相談を積極的に活用しましょう。初回の無料相談を受け付けている税理士事務所も多いため、まずは気軽に問い合わせてみることをお勧めします。

よくある質問

課税事業者から免税事業者へ戻る際によく寄せられる疑問点について、Q&A形式で解説します。

インボイス発行事業者登録を一度取り消すと再登録は可能ですか？

はい、一度インボイス発行事業者の登録を取り消した後でも、再登録は可能です。事業の状況変化により、再度課税事業者となりインボイス発行が必要となった場合は、改めて「適格請求書発行事業者の登録申請書」を提出することで、インボイス発行事業者として登録し直すことができます。

ただし、再登録する際には、再び課税事業者選択届出書（免税事業者が課税事業者になる場合）を提出する必要がある場合がありますし、登録が完了するまでには一定の期間を要します。また、インボイス発行事業者として登録した場合には、たとえ課税売上高が1,000万円以下であっても、その期間は課税事業者として消費税の申告・納税義務が発生します。

事業戦略として、将来的に再び課税事業者になる可能性がある場合は、一度登録を取り消すことのメリットとデメリットを慎重に比較検討することが重要です。再登録の際には、過去の登録状況や納税履歴なども考慮される場合がありますので、手続きを行う前に所轄の税務署や税理士に相談することをお勧めします。急な再登録が必要になった場合でも、手続きの遅れにより取引に支障が出ないよう、計画的に対応することが求められます。

消費税の還付を受けていた場合、免税事業者に戻るとどうなりますか？

消費税の還付を受けていた事業者が免税事業者に戻った場合、免税事業者になった課税期間以降は、消費税の還付を受けることはできなくなります。これは、免税事業者には消費税の納税義務がないと同時に、消費税の申告義務もなくなるためです。

ただし、免税事業者に戻る直前の最後の課税期間で還付金が発生している場合は、その還付金は通常通り受け取ることができます。例えば、課税事業者の期間中に高額な設備投資を行い、その課税仕入れにかかる消費税が多額だったために還付を受けていたとします。その還付申請の対象となる期間は、免税事業者に戻る前の課税期間に限られます。

免税事業者に戻った後は、たとえ仕入れで消費税を支払ったとしても、その消費税は仕入税額控除の対象とならず、原則として経費として計上することになります。したがって、継続的に消費税還付を受けていた事業者が免税事業者に戻る場合は、その還付がなくなることによるキャッシュフローへの影響を十分に検討し、経営計画に織り込む必要があります。

特に、輸出取引が多い事業者や、常に仕入れが売上を上回る事業モデル（先行投資期など）の事業者は、免税事業者に戻ることで得られる税負担軽減のメリットと、還付がなくなることによる資金繰りへの影響を比較検討することが不可欠です。

課税事業者に戻る選択をした後、やはり免税事業者に戻りたい場合の制約はありますか？

はい、一度「課税事業者を選択する旨の届出書」を提出して課税事業者になった場合、またはインボイス発行事業者の登録を受けて課税事業者になった場合、すぐに免税事業者に戻ることはできない「2年縛り」という制約があります。

この「2年縛り」は、事業者が意図的に課税事業者と免税事業者を頻繁に行き来することで、税制上の優遇を不当に利用することを防ぐ目的で設けられています。具体的には、課税事業者を選択した（あるいはインボイス登録を行った）課税期間の初日から2年を経過する日の属する課税期間の末日までは、原則として課税事業者のままでいなければなりません。

例えば、2024年4月1日から課税事業者を選択した場合、2026年3月31日までの2年間は課税事業者として消費税の申告・納税義務があります。その後、2026年4月1日以降の課税期間から、改めて「消費税の納税義務者でなくなった旨の届出書」などを提出することで、免税事業者に戻ることが可能となります（ただし、基準期間の課税売上高が1,000万円以下であることなどが条件です）。

この制約があるため、課税事業者になる選択をする際には、最低でも2年間は課税事業者であり続けることを前提として、慎重に判断する必要があります。一度選択すると、途中で簡単に変更することはできないため、将来の事業計画を十分に考慮した上で決定しましょう。もし途中で事業計画が変更になった場合でも、この2年縛りのルールは適用されるため、注意が必要です。