フレックスタイム制における労働時間と給与計算のすべて

フレックスタイム制の基本：総労働時間とコアタイム・フレキシブルタイム

フレックスタイム制の仕組みと裁量労働制との違い

フレックスタイム制は、労働者が始業・終業時刻や1日の労働時間を自身の裁量で決定できる、柔軟な働き方を実現する制度です。
企業は労使協定で「清算期間」における総労働時間を定めます。この総労働時間を守る範囲内で、従業員は自分のライフスタイルに合わせて働く時間を調整できます。
例えば、「今日は子どもの学校行事があるから早めに退社し、明日はその分長く働く」といった調整が可能です。

この制度と混同されやすいのが「裁量労働制」ですが、両者には明確な違いがあります。
裁量労働制は、専門業務型や企画業務型など、対象業務が限定されています。また、賃金は「みなし労働時間」に基づいて計算されます。
一方、フレックスタイム制は職種を限定せず導入でき、賃金は実際に働いた「実労働時間」に基づいて算出されます。

フレックスタイム制を導入するには、就業規則への規定と労使協定の締結が必須です。
特に、清算期間が1ヶ月を超える場合は、労使協定を労働基準監督署に届け出る必要がありますので、手続きには注意が必要です。

コアタイムとフレキシブルタイムの活用法

フレックスタイム制では、原則として労働時間を自由に設定できますが、企業によっては「コアタイム」と「フレキシブルタイム」を設定することがあります。
コアタイムとは、従業員が必ず勤務していなければならない時間帯のことです。例えば、「午前10時から午後3時までは全員出社」といった形で設定されます。
これにより、会議やチームでの共同作業を円滑に進めることができ、業務の連携を保ちつつ、従業員に一定の自由度を与えることが可能になります。

一方、フレキシブルタイムとは、従業員が自由に始業・終業時刻を決められる時間帯を指します。
コアタイムの前後の時間帯がこれにあたり、従業員はこの時間帯の中で自身の判断で働き始める時間や終業時間を調整します。
例えば、午前7時から午後10時までの間で、コアタイム（午前10時〜午後3時）以外の時間帯は自由に勤務できる、といった運用が一般的です。

コアタイムを設けることで、従業員同士のコミュニケーション不足を防ぎ、生産性の維持に貢献します。
しかし、コアタイムを設けない「スーパーフレックスタイム制」もあり、こちらはより高い自由度を従業員に提供します。
どちらの方式を選ぶかは、業務内容や企業の文化、従業員のニーズによって検討することが重要です。

清算期間と労働時間の上限規制

フレックスタイム制において、労働時間管理の軸となるのが「清算期間」です。
清算期間とは、労働時間を平均して算出する期間のことで、現在は最長3ヶ月まで延長が可能となっています。
これにより、例えば月の前半に集中して働き、月の後半は比較的余裕を持つなど、より柔軟な働き方を実現できるようになりました。
繁忙期と閑散期の労働時間を調整しやすくなり、従業員のワークライフバランス向上にも寄与します。

しかし、フレックスタイム制であっても、労働基準法に定められた時間外労働の上限規制は厳格に適用されます。
原則として、時間外労働は月45時間以内、年360時間以内と定められています。
特別な事情があり、労使協定（36協定）に特別条項を定めている場合でも、月100時間未満、複数月平均80時間以内、年間720時間以内が上限です。
しかも、月45時間を超えられるのは年6ヶ月までという制限も設けられています。

清算期間が3ヶ月の場合、週平均の労働時間についても特別な注意が必要です。
特に、清算期間が1ヶ月を超える場合、週平均50時間を超える労働時間については、清算期間の途中であっても時間外労働として割増賃金の支払いが必要となります。
従業員の健康確保のためにも、上限規制の遵守と適切な勤怠管理が不可欠です。

多様な労働時間パターン：40時間、44時間、45時間、50時間、60時間超のケース

週40時間（または44時間）を基本とする労働時間の考え方

フレックスタイム制において「残業」を判断する際の基本的な考え方は、清算期間全体の総労働時間を超えたかどうかです。
通常の労働時間制度であれば、1日8時間や週40時間を超えると時間外労働となりますが、フレックスタイム制では少し異なります。
例えば、ある日に10時間働いたとしても、その週や清算期間全体の総労働時間が労使協定で定めた範囲内であれば、直ちに時間外労働とはみなされません。

しかし、清算期間全体の労働時間が、「清算期間の平均で週40時間（または特例事業場では44時間）を超える部分」は、時間外労働としてカウントされます。
例えば、清算期間が1ヶ月で、その期間の総労働時間の基準が160時間だったとします。もし従業員が170時間働けば、10時間が時間外労働となります。
この原則を理解することが、フレックスタイム制の給与計算の第一歩となります。

ちなみに、常時10人未満の労働者を使用する特定の事業場（商業、映画・演劇業、接客娯楽業、保健衛生業など）は「特例措置対象事業場」となり、週の法定労働時間が44時間となる場合があります。
自身の職場がこれに該当するかどうかは、事前に確認しておくことが重要です。

月45時間以上の残業と上限規制の適用

フレックスタイム制であっても、法定労働時間を超えて労働させる（残業させる）場合には、事前に36協定（サブロク協定）を締結し、労働基準監督署に届け出る必要があります。
この36協定では、残業時間の原則的な上限を月45時間、年360時間と定めています。
この上限は、フレックスタイム制で働く従業員にも適用されます。

しかし、一時的に業務量が増加するなど、「特別な事情」がある場合には、特別条項付き36協定を締結することで、上限を超える残業が認められる場合があります。
この場合でも、以下の厳しい条件が課せられます。

• 時間外労働が月100時間未満であること
• 2〜6ヶ月の複数月平均で80時間以内であること
• 年間で720時間以内であること
• 原則である月45時間を超えることができるのは年6ヶ月まで

これらの上限規制は、従業員の健康と生活を守るために設けられています。
企業は、単に制度を導入するだけでなく、従業員が過度な長時間労働にならないよう、厳密な勤怠管理と業務量の調整に努める責任があります。
上限を超過した場合は、行政指導の対象となるだけでなく、企業の社会的信用にも影響を及ぼす可能性があります。

週50時間・60時間超の勤務と割増賃金・健康リスク

清算期間が1ヶ月を超えるフレックスタイム制を導入している場合、労働時間の計算には特に注意が必要です。
この場合、清算期間の途中であっても、週平均50時間を超える労働時間は、直ちに時間外労働として割増賃金の支払い対象となります。
これは、従業員の健康を守るための措置であり、長時間の労働が続くことを防ぐ狙いがあります。

例えば、清算期間が3ヶ月で、ある週に60時間働いたとします。その週の50時間を超える10時間は、その週の賃金支払いのタイミングで時間外労働として計算・支払われる必要があります。
清算期間の最終的な総労働時間で調整できるのは、あくまで「週平均50時間以内」の範囲内に限られるため、週ごとの労働時間も意識した管理が求められます。

週50時間や60時間を超えるような長時間労働は、従業員の健康リスクを高める可能性があります。
精神的な負担や過労による身体的な不調は、パフォーマンスの低下だけでなく、重大な健康問題に繋がることもあります。
企業は労働時間の上限規制を遵守するだけでなく、従業員の健康状態にも配慮し、必要に応じて産業医面談の実施や業務量の調整を行うなど、安全配慮義務を果たすことが不可欠です。

フレックスタイム制の賢い計算方法：残業時間と繰り越しの理解

清算期間における残業時間の具体的な計算方法

フレックスタイム制における残業時間の計算は、清算期間の「総労働時間」が基準となります。
まず、労使協定で定められた清算期間全体の総労働時間（例えば、1ヶ月なら月ごとの所定労働時間、3ヶ月なら3ヶ月分の所定労働時間の合計）を確認します。
従業員が実際に働いた実労働時間が、この総労働時間を超えた場合に、その超過分が時間外労働（残業）として扱われます。

具体的な計算例を見てみましょう。

上記の例では、超過した時間が残業として割増賃金の対象となります。

また、清算期間が1ヶ月を超える場合（最長3ヶ月）、週平均の労働時間にも注意が必要です。
清算期間を通じて週平均50時間を超える労働時間、または清算期間の途中で週平均50時間を超える労働時間が発生した場合は、その超過分がその週の時間外労働として、割増賃金の支払い対象となります。
これは、月の最終的な調整とは別に、週単位で発生する残業として認識されるため、複雑な計算が必要となるケースがあります。

未達時間の扱いと繰り越しの可否

清算期間の実労働時間が、労使協定で定められた総労働時間に満たなかった場合、その不足分を「未達時間」と呼びます。
この未達時間の扱いは、企業によって異なりますが、一般的には以下のいずれかの方法で処理されます。

1. 賃金控除: 不足した労働時間分の賃金が、次月の給与から差し引かれます。これが最も一般的な処理方法です。
2. 次月への繰り越し: 労使協定で定められていれば、未達時間を次の清算期間に繰り越して、その期間内で調整することができます。ただし、繰り越しができる期間や上限が設けられていることが多いです。

いずれにしても、従業員は清算期間の総労働時間を守る努力が必要です。

一方で、清算期間の総労働時間を超えて働いた「残業時間」を、次の清算期間に繰り越して相殺することはできません。
労働基準法では、時間外労働に対する割増賃金は、その清算期間終了後に確定し、全額を支払う義務があると定められています。
もし残業時間を翌月に繰り越して調整する運用を行っていると、賃金の全額支払い義務に違反する可能性があるので、注意が必要です。

企業側は、未達時間と超過時間の適切な処理ルールを労使協定で明確にし、従業員に周知徹底することが重要です。
特に、未達時間に対する賃金控除が発生する場合、従業員の生活に影響を及ぼす可能性があるため、丁寧な説明が求められます。

中途入社・退職者の特殊な計算ルール

清算期間が1ヶ月以上のフレックスタイム制の場合、清算期間の途中で入社した従業員や、期間中に退職する従業員の労働時間や給与計算は、通常とは異なる特殊なルールが適用されます。
これらの従業員は清算期間全体を勤務しないため、一律の総労働時間を適用することができません。

具体的には、中途入社者や途中退職者に対しては、清算期間における「週平均40時間（特例事業場は44時間）」を超える労働時間が発生した場合、その超過分が時間外労働として割増賃金の支払い対象となります。
これは、通常のフレックスタイム制における残業計算基準（清算期間全体の総労働時間を超えた場合）が適用できないため、週の法定労働時間を基準にするという例外的な措置です。

例えば、清算期間が3ヶ月で、その途中に中途入社した従業員がいたとします。
その従業員の実際の在籍期間中に、週平均40時間を超えて労働した週があれば、その超過分は週の法定労働時間を超えたものとして割増賃金が支払われる必要があります。
これは清算期間の終了を待つことなく、給与計算のタイミングで精算されるのが一般的です。

企業は、中途入社・途中退職者についても、通常の従業員と同様に正確な勤怠管理を行い、適切な給与計算を行う義務があります。
特に、清算期間が長いフレックスタイム制では、これらのケースの計算が複雑になりがちですので、給与計算担当者は最新の法規制と社内規定を十分に理解しておく必要があります。

給与計算と欠勤控除：フレックスタイム制における注意点

残業代の計算と支払い時期

フレックスタイム制における残業代の計算は、基本的な計算式に従って行われます。
残業代 = 基礎賃金（1時間あたりの賃金） × 割増率 × 残業時間
ここで言う「基礎賃金」は、月給制の場合、月給から家族手当や通勤手当など一部の手当を除いた額を月の所定労働時間で割って算出します。

割増率についても、通常の勤務形態と同様に適用されます。

• 時間外労働（法定労働時間を超える労働）：25%以上
• 休日労働（法定休日の労働）：35%以上
• 深夜労働（22時〜翌朝5時の労働）：25%以上

もし深夜に時間外労働を行った場合は、両方の割増率が合算され、例えば50%以上の割増率が適用されます。

最も重要な点は、残業代は清算期間終了後に確定し、支払われるという点です。
清算期間が1ヶ月であれば、その月の給与支払い日に残業代が支払われます。清算期間が3ヶ月であれば、3ヶ月分の労働時間をまとめて計算し、最後の月の給与支払い日に精算されることになります。
清算期間終了後に確定した残業代は、翌清算期間に繰り越して調整するようなことは認められていません。賃金は全額を支払う義務があるため、この点は特に注意が必要です。

法定休日労働と深夜労働の取り扱い

フレックスタイム制を導入しているからといって、法定休日労働や深夜労働に関する規定が免除されるわけではありません。
これらは、労働者の健康保護や生活への配慮のために定められた重要なルールであり、通常の勤務形態と同様に割増賃金が発生します。
企業は、フレックスタイム制であっても、法定休日に従業員を労働させた場合、35%以上の割増賃金を支払う義務があります。

同様に、深夜（午後10時から翌朝5時までの時間帯）に労働させた場合も、通常の賃金に加えて25%以上の深夜割増賃金を支払う必要があります。
例えば、清算期間の総労働時間を満たすために、従業員が深夜に働くことを選択したとしても、その深夜帯の労働には必ず割増賃金が適用されます。
これらは、清算期間の総労働時間がどうなるかに関わらず、発生した時点での労働に対して支払われるべきものです。

企業側は、フレックスタイム制の柔軟な運用を促しつつも、従業員が法定休日や深夜に過度に労働することがないよう、労働時間管理を徹底する必要があります。
特に、深夜労働は従業員の心身に負担をかけるため、必要性を吟味し、適切な休憩時間の確保や健康管理にも配慮が求められます。

欠勤控除と有給休暇取得時の給与計算

フレックスタイム制においても、従業員が欠勤した場合は、その欠勤時間に応じた賃金が控除されます。
基本的には、労使協定で定められた「標準となる1日の労働時間」を欠勤したものとみなし、その分の賃金を給与から控除するのが一般的です。
例えば、標準労働時間が8時間であれば、1日欠勤すると8時間分の賃金が控除されます。
清算期間の総労働時間に満たない「未達時間」が発生した場合も、最終的にはこの欠勤控除の考え方と同様に賃金が控除されることになります。

一方、有給休暇を取得した日は、原則として、労使協定で定めた「標準となる1日の労働時間」を働いたものとみなされます。
つまり、その日の賃金は通常通り支払われ、清算期間の総労働時間の計算にも含まれます。
例えば、標準となる1日の労働時間が8時間と定められていれば、有給休暇を取得した日は8時間分の労働があったものとして扱われます。

ただし、有給休暇取得日が残業代の計算に影響を与える場合があるため注意が必要です。
参考情報にもある通り、「残業代の計算には実際に働いた時間のみが考慮されます」。
つまり、有給休暇で「働いたとみなされた時間」は、残業時間としてカウントされません。実際に清算期間の総労働時間を超えて働いた分のみが残業として計算されるということです。
従業員と企業双方にとって、これらのルールを正しく理解し、適切な給与計算を行うことが重要です。

3ヶ月・1ヶ月単位での運用と30分単位の活用法

清算期間1ヶ月と3ヶ月運用のメリット・デメリット

フレックスタイム制における清算期間は、最長で3ヶ月まで設定することができます。
この1ヶ月と3ヶ月という期間設定には、それぞれ異なるメリットとデメリットがあります。

【清算期間1ヶ月のメリット・デメリット】

• メリット：
  • 労働時間管理や給与計算が比較的シンプルで、分かりやすい。
  • 月ごとの収支管理がしやすく、賃金が変動しにくい。
  • 労働基準監督署への届け出が不要なケースが多い（ただし、労使協定の締結は必要）。
• デメリット：
  • 月の途中で業務量が大きく変動する場合、時間調整の柔軟性が3ヶ月よりも低い。
  • 月をまたいだ長期的なワークライフバランスの調整がしにくい。

【清算期間3ヶ月のメリット・デメリット】

• メリット：
  • 繁忙期と閑散期の調整がしやすく、より柔軟な働き方を実現できる（例：繁忙期に多く働き、閑散期に休暇をまとめて取る）。
  • 従業員の自由度が高まり、ワークライフバランスの向上が期待できる。
• デメリット：
  • 労働時間管理や給与計算が複雑になる（特に週平均50時間超のチェックが必要）。
  • 清算期間の途中で週平均50時間を超える労働がある場合、その週の給与計算で割増賃金が発生する可能性がある。
  • 労使協定を労働基準監督署に届け出る必要がある。

企業の業務特性や従業員のニーズに合わせて、最適な清算期間を選択することが重要です。

30分単位での勤怠管理と給与計算の合理化

フレックスタイム制において、従業員が自由に始業・終業時刻を決められることから、勤怠時間の記録は非常に重要になります。
多くの企業では、従業員がより柔軟に勤務時間を調整できるよう、勤怠時間を30分単位で管理することが一般的です。
これにより、「今日は早く帰りたいから、30分だけ早めに上がる」といった調整が可能になり、従業員の利便性が向上します。

また、休憩時間の取得についても、30分単位で管理することで、より細やかな対応が可能となります。
例えば、規定の休憩時間を分割して取得したり、その日の業務状況に合わせて休憩時間を調整したりするケースも出てくるでしょう。
こうした柔軟な運用は、従業員の満足度向上に繋がりますが、同時に正確な記録が不可欠となります。

勤怠時間を30分単位で記録することで、給与計算の正確性も高まります。
1分単位の管理が理想的ではありますが、実務上の負担を考慮すると、30分単位でも十分な精度が確保できます。
給与計算システムと連携させることで、これらの勤怠データを自動で集計し、清算期間の総労働時間や残業時間の算出を合理化することが可能です。
従業員にとっても、自分の労働時間が細かく反映されることで、給与計算への信頼性が増すというメリットがあります。

勤怠管理システムの導入と法改正への対応

フレックスタイム制を円滑に、かつ法的に適切に運用するためには、正確な勤怠管理が最も重要です。
従業員一人ひとりの始業・終業時刻、休憩時間、そして清算期間全体の労働時間を正確に把握し、残業時間の有無を判断するのは、手作業では非常に手間がかかり、ミスも発生しやすくなります。
そこで有効なのが、勤怠管理システムの導入です。

勤怠管理システムを導入することで、以下のようなメリットが得られます。

• 打刻の正確性向上： ICカード、生体認証、PCログオン・ログオフ、スマートフォンアプリなど、多様な方法で正確な打刻が可能。
• 自動集計・計算： 清算期間の総労働時間、残業時間、深夜労働時間、休日労働時間を自動で集計・計算。給与計算システムとの連携も容易。
• アラート機能： 労働時間の上限規制に近づいた場合や、週平均50時間超のリスクがある場合にアラートを発し、長時間労働を未然に防ぐ。
• データ可視化： 従業員自身も自分の労働状況をリアルタイムで確認でき、計画的な勤務を促す。

また、労働基準法は定期的に改正されるため、企業は常に最新の法改正に対応していく必要があります。
例えば、清算期間の延長や時間外労働の上限規制強化など、フレックスタイム制に関わる法改正があった場合でも、最新の法令に準拠した勤怠管理システムであれば、迅速かつ正確に対応することができます。
コンプライアンス遵守と効率的な運用のためにも、勤怠管理システムの活用は、現代のフレックスタイム制導入企業にとって不可欠なツールと言えるでしょう。