インボイス制度 登録の「やり方」をステップごとに解説

適格請求書発行事業者の申請手続き

インボイス制度に対応するためには、まず「適格請求書発行事業者」としての登録が必要です。
この登録申請は、国税庁のWebサイトから「適格請求書発行事業者の登録申請書」をダウンロードして郵送するか、e-Taxを利用してオンラインで行うことができます。
e-Taxでの申請は、マイナンバーカードとICカードリーダー（または対応スマートフォン）があれば、ご自宅から手軽に申請でき、処理期間も比較的短いため推奨されています。

申請書には、事業者の氏名（または名称）、住所（所在地）、事業所の所在地、法人番号（法人の場合）などを正確に記載します。
特に、免税事業者が新たに課税事業者となる場合は、「消費税課税事業者選択届出書」の提出も同時に必要と誤解されがちですが、適格請求書発行事業者の登録申請書を提出すれば、自動的に課税事業者となるため、別途の選択届出書は原則不要です。

ただし、課税期間の初日から課税事業者となるには、その前日までに届出書が必要なケースもあるため、個別の状況によっては税理士に相談することをおすすめします。
制度開始日である2023年10月1日から登録を受けるためには、原則として2023年9月30日までに申請する必要がありましたが、現在は遅れて申請しても、申請書に記載した登録希望日から登録を受けることが可能です。
登録希望日は通常、提出日から15日以降の日付を指定します。

登録後の義務と注意すべき点

適格請求書発行事業者として登録されると、いくつかの重要な義務と注意点が生じます。
最も基本的な義務は、買手側（取引先）から求められた際に、「適格請求書（インボイス）」を正確に発行することです。
インボイスには、発行事業者の氏名または名称および登録番号、取引年月日、取引内容（軽減税率の対象品目である旨）、適用税率、税率ごとに区分した消費税額等といった項目を漏れなく記載する必要があります。

これらの記載事項に不備があったり、誤りがあったりすると、取引先が仕入税額控除を受けられなくなり、結果として取引関係に悪影響を及ぼす可能性があるため、細心の注意が求められます。
また、発行したインボイスだけでなく、取引先から受領したインボイス、そしてこれらの取引を記録した帳簿書類は、法律で定められた期間（原則として7年間）保存する義務があります。

さらに、適格請求書発行事業者となることは、消費税の納税義務が発生することを意味します。
免税事業者にはなかったこの新たな負担に対応するため、売上にかかる消費税から仕入れにかかる消費税を差し引いた金額を、消費税の確定申告によって納税する準備が必要です。
これにより、経理業務の複雑さが増す可能性もあるため、会計ソフトの導入や税理士との連携を検討することも重要になります。

制度導入後の変更と今後の見通し

インボイス制度は2023年10月1日に施行され、すでに日本のビジネス環境に大きな変化をもたらしています。
この制度の核心は、消費税の複数税率（標準税率10%と軽減税率8%）に対応し、課税事業者が仕入れにかかる消費税額を正確に計算し、仕入税額控除を適用するための仕組みを確立することです。
特に、免税事業者からの仕入れが、原則として仕入税額控除の対象外となる点が、多くの事業者に影響を与えています。

これにより、課税事業者である取引先は、免税事業者からの仕入れに対して消費税負担が増加するため、適格請求書発行事業者との取引を優先する傾向が強まっています。
今後、インボイス制度が社会に完全に浸透していく中で、免税事業者が登録を選択するインセンティブは一層高まっていくでしょう。
特に、企業間取引（BtoB）が中心の事業者にとって、インボイス発行の可否は、取引の継続や新規顧客獲得に直結する重要な要素となります。

政府は、中小企業や個人事業主の負担軽減のため、「2割特例」や「IT導入補助金」といった支援措置を導入しており、これらを活用しながら制度への対応を進めることが賢明です。
国税庁や関連省庁は、制度の円滑な運用を目指し、FAQの更新や説明会の開催などを継続していくと見られており、事業者は常に最新情報を確認し、柔軟な対応が求められることになります。

インボイス制度 登録「期間」と注意点

登録申請の期限とタイミング

インボイス制度は2023年10月1日から施行されましたが、制度開始当初から適格請求書発行事業者となるためには、原則として2023年9月30日までに登録申請を完了する必要がありました。
しかし、制度への対応が間に合わなかった事業者や、後から登録を決意した事業者向けに、現在、登録申請の期限は設けられていません。
つまり、2024年以降も、適格請求書発行事業者の登録申請はいつでも可能です。

申請後、税務署での審査を経て登録通知が届きますが、その期間は申請方法によって異なります。
e-Taxで申請した場合、通常約2週間から1ヶ月程度で登録通知が届くことが多いようです。
一方、郵送（書面申請）の場合は、1ヶ月半から3ヶ月程度かかることもあるため、余裕を持った申請が推奨されます（出典：国税庁Webサイトより）。

登録は、申請書に記載した「登録希望日」から効力が発生します。
通常は、提出日から15日以降の登録希望日を指定します。
事業年度の途中で登録を受ける場合、その登録日以降は課税事業者となり、消費税の納税義務や申告義務が発生しますので、資金計画や経理体制の準備が重要です。
特に年度途中の移行は、消費税の計算期間に影響を与えるため、事前に確認が必要です。

免税事業者が登録を選択する場合の特例措置

これまで消費税の納税義務がなかった免税事業者が、インボイス制度への対応のため適格請求書発行事業者として課税事業者になる場合、税負担や事務負担の増加が懸念されます。
そこで、こうした事業者を支援するために「2割特例」と呼ばれる特例措置が導入されました。
この特例は、令和5年10月1日から令和8年9月30日までの課税期間において、消費税の納税額を、売上税額の2割に軽減するというものです。

具体的には、インボイス発行事業者として課税事業者になったばかりの事業者が対象となり、消費税の申告時に「2割特例」を選択することで、仕入れ控除の計算が不要になり、簡易的に納税額を算出できます。
この措置は、事務負担の軽減にも繋がり、課税事業者への移行を検討する際の大きなメリットとなります。
例えば、課税売上が1,000万円で、仕入等にかかる消費税額が20万円だった場合、原則的な計算では（100万円 – 20万円 = 80万円）となりますが、2割特例を適用すれば（100万円 × 20% = 20万円）となり、大幅に納税額が軽減される可能性があります。

また、インボイス制度に対応するための会計ソフトやレジなどの導入を支援する「IT導入補助金」も活用できる場合があります。
これらの支援策は、制度移行のハードルを下げるために非常に有効です。
国税庁や中小企業庁のWebサイトで最新情報を確認し、自社に合った支援策を積極的に利用して、円滑な制度移行を目指しましょう。

登録内容に変更があった場合の対応

適格請求書発行事業者として登録された後、事業者の登録事項に変更が生じた場合は、速やかに税務署へ届出を行う必要があります。
具体的には、個人の場合は氏名や住所、法人の場合は名称や所在地などに変更があった場合、「適格請求書発行事業者の登録事項変更届出書」を提出します。
この届出は、登録番号そのものに変更が生じるわけではありませんが、国税庁の公表サイトに掲載される情報が常に最新の状態であるよう、正確な情報提供が求められます。

登録情報の正確性を保つことは、取引先からの信頼にも繋がります。
変更届出を怠ると、取引先が国税庁のサイトで確認した情報と実際の情報が異なり、混乱を招く可能性があります。
また、事業を廃止した場合や、適格請求書発行事業者の登録を取り消したい場合は、「適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める旨の届出書」を提出する必要があります。

一度登録を取り消すと、再度登録するには手続きが必要となり、その間はインボイスを発行できなくなるため、取引先への影響を考慮し、慎重に判断することが重要です。
これらの手続きは、e-Taxまたは書面で所轄の税務署長宛てに行います。
変更が生じた際には、早めに手続きを進め、取引関係に支障が出ないよう注意しましょう。

インボイス制度 登録しない場合の「デメリット」を明確に

取引先との関係性への影響

インボイス制度に登録せず、免税事業者のままでいる場合、最も避けられないデメリットは、取引先（買手側）が仕入税額控除を受けられなくなるという点です。
課税事業者である取引先は、事業活動で仕入れた商品やサービスにかかる消費税を、自社が預かった消費税から差し引いて国に納税します。
これが「仕入税額控除」と呼ばれる仕組みです。

しかし、免税事業者から購入した商品やサービスに対しては、適格請求書（インボイス）が発行されないため、原則としてこの仕入税額控除が適用されません。
つまり、取引先は、免税事業者からの仕入れにかかる消費税分を控除できなくなり、その分の消費税負担が増加することになります。
これは、取引先にとって実質的なコストアップとなるため、取引の継続に慎重になったり、場合によっては取引条件の見直しや、最悪の場合、取引停止を求められたりする可能性があります。

特に、企業間取引（BtoB）が中心の事業者は、取引先との関係維持が事業継続に直結するため、インボイス制度への登録の有無がビジネスの存続に関わる重要な判断となります。
既存の良好な取引関係を維持するためにも、このデメリットは十分に考慮すべきです。

新規顧客獲得と競争力の低下

インボイス制度への登録の有無は、新規顧客の獲得にも大きな影響を及ぼします。
課税事業者である企業は、仕入税額控除を受けられないリスクを回避するため、新規で取引を始める際に、相手方が適格請求書発行事業者であるかを重要な判断基準とすることが一般的です。
そのため、インボイスを発行できない免税事業者は、新規の取引先を見つけることが難しくなる傾向にあります。

また、価格競争においても不利な状況に陥る可能性があります。
免税事業者は消費税の納税義務がないため、その分を価格に上乗せしないことで、課税事業者よりも安価にサービスを提供できる側面も確かに存在します。
しかし、取引先によっては「仕入税額控除ができないことによる消費税負担増」の方が、価格の安さよりも重視される場合があります。

結果として、免税事業者であることを理由に、競合他社と比較して競争力が低下してしまうリスクも考慮しなければなりません。
特に、同じようなサービスを提供している事業者が多数いる市場においては、インボイスを発行できるかどうかが、選ばれるか否かの決定的な要因となることもあります。
長期的な事業成長を考えると、新規顧客の獲得が阻害されることは、看過できないデメリットと言えるでしょう。

経過措置の適用と注意点

インボイス制度導入後、免税事業者からの仕入れに対する課税事業者の負担を緩和するため、一定期間の経過措置が設けられています。
具体的には、令和8年（2026年）9月30日までは仕入税額相当額の80%、令和11年（2029年）9月30日までは仕入税額相当額の50%を控除できるというものです（出典：国税庁「インボイス制度の概要」）。
この措置は、課税事業者の仕入税額控除への急激な影響を緩和するための暫定的なものです。

しかし、この経過措置期間中であっても、全額控除されるわけではないため、取引先の消費税負担がゼロになるわけではありません。
あくまで一時的な負担軽減策であり、長期的な解決には繋がりません。
また、この経過措置の適用を受けるためには、免税事業者からの仕入れであっても、区分記載請求書等と同様の事項が記載された請求書等の保存と、経過措置の適用を受ける旨を記載した帳簿の保存が必要となります。

これらの要件を満たさなければ、経過措置による控除を受けることもできません。
そして最も重要なのは、令和11年10月1日以降は、原則として免税事業者からの仕入れに対する仕入税額控除は一切できなくなるという点です。
この期限が到来すれば、免税事業者のままでいることのデメリットはさらに大きくなり、取引先からの取引見直し圧力が一層強まることが予想されます。
経過措置があるからといって安易に登録を先延ばしにするのではなく、将来を見据えた判断が求められます。

インボイス制度「登録番号」とは？取得方法と確認方法

登録番号の基本的な理解

インボイス制度における「登録番号」とは、適格請求書発行事業者として税務署に登録された事業者に付与される、固有の識別番号です。
この登録番号は、適格請求書（インボイス）に必ず記載しなければならない重要な情報の一つであり、その事業者が適格請求書を発行できる正規の事業者であることを公的に証明する役割を担います。
登録番号がなければ、発行された請求書は適格請求書として認められません。

登録番号は、「T」から始まる13桁の数字で構成されています。
この「T」は、「Tax（税）」を意味し、インボイス制度における事業者識別番号であることを示します。
法人事業者の場合、この13桁の数字は、法人に割り当てられている法人番号と同一です。
既に法人番号を持っている法人は、登録申請後、既存の法人番号がそのまま登録番号として使用されます。

一方、個人事業主の場合は法人番号を持たないため、税務署に登録申請を行うことで、新たに13桁の数字が登録番号として付与されます。
この登録番号は、取引相手が仕入税額控除を行うために不可欠な情報となるため、インボイスに正確に記載し、必要に応じて取引相手に伝える義務があります。
登録番号は、事業者にとってインボイス制度における「身分証明書」のようなものです。

登録番号の取得から確認までの流れ

登録番号を取得するためには、まず「適格請求書発行事業者の登録申請書」を所轄の税務署長に提出する必要があります。
申請方法は、e-Tax（電子申請）と郵送（書面申請）の2種類があり、e-Taxでの申請の方が処理期間が短く、迅速に登録番号が通知される傾向にあります。
申請書には、事業者の基本情報と登録希望日を記入します。

申請書が提出され、税務署での審査を通過すると、「適格請求書発行事業者の登録通知書」が郵送またはe-Taxのメッセージボックスに届きます。
この通知書に、ご自身の事業者の登録番号が記載されています。
登録通知が届いたら、その登録番号をインボイスに記載できるよう準備を進めます。

取得した登録番号は、国税庁が運営する「適格請求書発行事業者公表サイト」で一般に公表されます。
この公表サイトでは、任意の事業者の登録番号を入力して、その事業者が適格請求書発行事業者として登録されているか、またその事業者の名称や所在地などを確認することができます。
取引先から受け取ったインボイスに記載された登録番号が正しいか、有効な登録番号であるかを確認する際にも、この公表サイトが活用されます。
事業者は、自社の登録番号を取引先に正確に伝え、必要に応じて確認方法も案内できるようにしておくと良いでしょう。

登録番号がもたらすビジネスへの影響

適格請求書発行事業者として登録番号を取得することは、ビジネスにおいて多くのプラスの影響をもたらします。
第一に、取引先が仕入税額控除を受けられるようになるため、既存の取引関係を円滑に継続できるだけでなく、新規取引の獲得においても有利になります。
特に、課税事業者である企業との取引においては、登録番号の有無が取引の可否を左右する重要な要素となるでしょう。

第二に、国税庁の公表サイトに登録情報が掲載されることで、事業の透明性や信頼性が向上します。
取引先は、いつでもあなたの事業者が適格請求書発行事業者であることを確認できるようになるため、安心して取引を進めることができます。
これは、特に新しい取引先との関係構築において、大きな強みとなります。

第三に、多くの企業がインボイス制度への対応を進める中で、登録番号を持つことは、ビジネスパートナーとしての要件となる可能性が高まります。
企業間取引（BtoB）においては、インボイス発行が標準となりつつあり、登録番号の取得が、もはや必須とも言える状況になりつつあります。
このように、登録番号は単なる識別番号ではなく、現代のビジネス環境における競争力と信頼性を左右する重要な資産となります。

【Q&A】インボイス制度 登録に関する疑問を解消！

Q1: 免税事業者でもインボイス発行はできますか？

いいえ、原則として免税事業者がインボイス（適格請求書）を発行することはできません。
インボイスを発行できるのは、税務署長に登録を受け、「適格請求書発行事業者」となった事業者のみです。
免税事業者のままでいることを選択した場合、発行できるのは、インボイス制度導入前と同じ「区分記載請求書」や「請求書」となり、これらには適格請求書発行事業者としての登録番号を記載することはできません。

この点が、免税事業者が登録をしない場合に生じる最大のデメリット、つまり「取引先が仕入税額控除を受けられなくなる」という問題に直結します。
取引先は、あなたからの請求書では消費税を控除できず、その分を負担することになります。
もし免税事業者がインボイスの発行を求められた場合は、適格請求書発行事業者の登録を検討するか、または取引先にインボイスを発行できない旨を明確に伝え、今後の取引について話し合う必要があります。

最終的に、免税事業者としてとどまるか、課税事業者として登録するかは、ご自身の事業内容や主な取引先の属性（一般消費者か、課税事業者か、免税事業者かなど）を総合的に判断して決定することが重要です。
短期的な納税負担だけでなく、長期的な事業継続性や顧客関係への影響を考慮して選択しましょう。

Q2: 課税事業者と免税事業者、どちらを選ぶべきですか？

この選択は、事業の状況によって最適な答えが大きく異なります。
インボイス制度に登録し、課税事業者となる主なメリットは、取引先が仕入税額控除を受けられるため、既存取引の維持や新規取引の獲得が容易になることです。
特に、あなたの取引先が主に課税事業者である場合や、今後課税事業者との取引を拡大したいと考えている場合は、登録を強く検討すべきでしょう。

一方、登録せず免税事業者のままでいるメリットは、消費税の納税義務がなく、インボイス関連の事務負担も増えないことです。
もし顧客が一般消費者のみの場合、あるいは取引先が免税事業者や簡易課税事業者のみで、仕入税額控除の必要がない場合は、登録のメリットは少ないかもしれません。
例えば、飲食店や美容室など、主に一般消費者と取引する事業者は、登録しないことを選択してもデメリットが少ない場合があります。

しかし、将来的に事業規模が拡大し、課税事業者との取引が増える可能性を考慮することも重要です。
「登録しないことを選択できるケース」も存在しますが、長期的な視点で見れば、取引環境の変化に対応できるよう、柔軟な姿勢で検討することが求められます。
最終的な判断に迷う場合は、税理士などの専門家に相談し、ご自身の事業に合った最適な選択肢を見つけることをお勧めします。

Q3: 登録しないと消費税を納めなくて良いのは本当ですか？

はい、免税事業者のままであれば、消費税の納税義務は発生しません。
年間売上高が1,000万円以下の事業者は免税事業者とされ、消費税の申告・納税が免除されます。
インボイス制度が導入されても、この免税事業者の基本的な要件に変更はありませんので、この点は事実です。

しかし、ここで注意が必要なのは、免税事業者であるあなたは消費税を納めない一方で、取引相手はあなたが発行する請求書では仕入税額控除が受けられないという点です。
これにより、取引相手は実質的な消費税の負担が増えることになります。
過去には「益税」として、免税事業者が受け取った消費税がそのまま利益となることがありましたが、インボイス制度はこの益税を解消し、消費税の適切な納税を促進することを目的としています。

したがって、登録しないことで直接的な納税負担は免れますが、間接的に取引関係への影響という形で「代償」が伴うことを理解しておく必要があります。
取引先がその負担を嫌がり、取引条件の変更や取引停止に至る可能性も十分に考えられます。
納税額と取引先の関係性、事務負担のバランスを総合的に考慮し、ご自身の事業にとって最も良い選択を慎重に判断しましょう。