課税事業者から免税事業者へ戻る際の消費税申告を徹底解説

2023年10月からのインボイス制度導入は、多くの事業者にとって消費税に関する大きな転換点となりました。
これまで免税事業者だった方がインボイス発行事業者となるために課税事業者を選択したり、あるいは課税事業者だった方が事業環境の変化に伴い免税事業者に戻ることを検討したりと、消費税の納税義務者としての立場を見直す動きが活発化しています。

本記事では、課税事業者から免税事業者へ戻る際に必要となる消費税申告について、その理由やタイミング、具体的な手続き、そして注意すべき点を徹底的に解説します。
複雑な消費税申告をスムーズに行うためのガイドとしてご活用ください。

課税事業者から免税事業者へ戻る理由とタイミング

課税事業者から免税事業者へ戻るという選択は、事業者の状況や市場環境の変化によって様々です。
ここでは、その主な理由と、戻ることが可能なタイミングについて詳しく見ていきましょう。

事業環境の変化と免税事業者への回帰動機

事業者が課税事業者から免税事業者へ戻ることを検討する背景には、主に以下の理由が考えられます。
一つ目は、事業規模の縮小や、課税売上高が基準期間（個人事業者の場合は前々年、法人の場合は前々事業年度）で1,000万円以下になる見込みが立った場合です。
例えば、これまで主要な取引先が課税事業者でありインボイス発行の必要性から課税事業者を選択していたものの、その取引が終了し、新たな主要取引先が免税事業者であるか、インボイスが不要な消費者取引が中心になったケースが挙げられます。

二つ目は、消費税の申告・納税にかかる事務負担の軽減を求める場合です。
課税事業者である限り、日々の取引における消費税の管理、帳簿付け、そして年に一度の確定申告という事務作業が常に発生します。
これらの事務負担や税理士報酬などのコストを削減したいと考える事業者にとって、免税事業者に戻ることは魅力的な選択肢となります。特に、インボイス制度導入後に課税事業者となった小規模事業者の中には、その事務負担の重さに直面し、免税事業者への回帰を検討するケースも少なくありません。

課税事業者選択届出の原則とインボイス制度下の特例

消費税法上、原則として一度「消費税課税事業者選択届出書」を提出し、課税事業者となった場合、その選択をした課税期間の翌々課税期間までは免税事業者に戻ることができません。
これは、事業者が有利な期間だけ課税事業者を選択し、不利な期間は免税事業者に戻るといった恣意的な選択を防ぐための措置です。

しかし、2023年10月に導入されたインボイス制度は、この原則に新たな選択肢をもたらしました。
免税事業者が「適格請求書発行事業者の登録申請書」を提出し、登録を受けた場合、その登録日から課税事業者となることができます。
そして、このインボイス登録によって課税事業者となった事業者が、その後、その登録を取り消す手続きを行うことで、登録を取りやめた日の属する課税期間の翌課税期間から免税事業者に戻ることが可能となる特例が設けられています。
この特例を活用することで、従来の2年間の縛りを受けずに免税事業者への回帰が検討できるようになりました。

免税事業者に戻るための手続きとタイミングの見極め

課税事業者から免税事業者へ戻るためには、所轄税務署長へ「消費税の納税義務者でなくなる旨の届出手続」を提出する必要があります。
この届出は、免税事業者に戻りたい課税期間の初日の前日までに提出するのが原則です。
例えば、1月1日から始まる課税期間で免税事業者に戻りたい場合は、前年の12月31日までに提出する必要があります。

インボイス制度下の特例を利用して免税事業者に戻る場合は、「適格請求書発行事業者の登録の取り消しを求める旨の届出書」を提出し、登録を取り消す必要があります。
その後、「消費税の納税義務者でなくなる旨の届出手続」を提出することになりますが、登録取り消し後すぐに免税事業者に戻れるわけではなく、登録取り消しの効力発生日（通常は提出から一定期間後）を確認し、適切なタイミングで届出を提出することが重要です。
事業の状況、取引先の動向、そして自身の事務負担を総合的に考慮し、専門家とも相談の上、最適なタイミングを見極めることが求められます。

免税事業者に戻る際の消費税申告の注意点

課税事業者から免税事業者へ戻る際、単に届出書を提出するだけでなく、その移行期間における消費税申告には特有の注意点が存在します。
特に課税期間の途中での変更や、仕入税額控除の考え方には慎重な対応が必要です。

課税期間の考え方と最終申告の区切り

課税事業者であった期間と免税事業者に戻る期間が混在する場合、消費税の計算は、課税事業者であった期間に限定して行われます。
例えば、法人で事業年度が4月1日から3月31日までの場合、10月1日に「消費税の納税義務者でなくなる旨の届出手続」を提出したとしても、その事業年度の4月1日から9月30日までの期間については課税事業者としての納税義務が残ります。

この期間については、通常通り課税売上高と課税仕入れ高を集計し、消費税額を計算して申告・納税する必要があります。
つまり、免税事業者に戻ったとしても、課税事業者であった期間の申告義務は継続するため、最後の確定申告では、期間を区切った上で正確な計算を行うことが求められます。
特にインボイス制度の特例で期中に課税事業者になった場合は、その開始日から免税事業者に戻るまでの期間が課税期間となり、その期間の申告が必要となります。

仕入れに係る消費税額の調整に注意

免税事業者に戻る際に特に注意が必要なのが、仕入れに係る消費税額の調整です。
課税事業者であった期間中に購入した固定資産や棚卸資産が、免税事業者に戻った後に消費・販売される場合、過去に控除した仕入れ税額の一部を返還しなければならないケースがあります。

これは、課税事業者として消費税を控除した資産が、最終的に消費税の課税対象とならない状態で販売・消費されると、公平性が保たれないためです。
具体的には、課税仕入れ等にかかる消費税額の調整計算（高額特定資産の仕入れ等に係る消費税額の調整）という規定が適用される場合があります。
例えば、課税事業者期間中に多額の機械設備を導入し、仕入れ税額控除を受けていたが、その機械設備を免税事業者に戻った後に譲渡したり、事業を廃止したりする場合、調整が必要になる可能性があります。
この計算は複雑なため、専門家のアドバイスを受けることを強くお勧めします。

届出書の提出期限と消費税還付の可能性

「消費税の納税義務者でなくなる旨の届出手続」は、免税事業者に戻りたい課税期間の初日の前日までに提出することが原則です。
提出が遅れると、希望する課税期間に免税事業者に戻れず、意図せず課税事業者のままとなってしまう可能性があるため、期限厳守が非常に重要です。
また、インボイス登録を取り消して免税事業者に戻る場合も、登録取り消しの効力発生日と「納税義務者でなくなる旨の届出手続」の提出タイミングに注意が必要です。

最終の消費税申告において、課税事業者であった期間の課税仕入れ等にかかる消費税額が、課税売上高にかかる消費税額を上回る場合、消費税の還付を受けることができる可能性があります。
例えば、輸出取引が多かったり、多額の設備投資を行った課税期間であった場合がこれに該当します。
還付を受けるためには、確定申告書にその旨を記載し、税務署に提出する必要があります。
この還付の機会を逃さないためにも、正確な申告書の作成と期日内の提出を心がけましょう。

消費税額の計算方法と還付の可能性

課税事業者から免税事業者へ移行する際の消費税額の計算は、通常の申告とは異なる考慮点があります。
特に、課税期間が短縮されるケースや、還付の可能性については正確な理解が求められます。

課税期間に応じた消費税額の正確な計算

免税事業者に戻る場合、課税事業者であった最終期間の消費税額を正確に計算する必要があります。
この期間は、通常の課税期間（例えば1年間）の途中である場合が多く、その期間に発生した課税売上高と課税仕入れ高のみを対象として集計します。
計算方法は、原則として「課税売上高に係る消費税額 － 課税仕入れ等に係る消費税額」です。

課税事業者期間中に簡易課税制度を選択していた場合は、みなし仕入れ率を適用して計算します。
簡易課税制度は、適用すると2年間は変更できないという縛りがあるため、免税事業者に戻る際の最終申告でもこの制度が適用されることになります。
どの計算方法を採用していたかによって、集計すべきデータや計算プロセスが異なるため、自身の制度選択を再確認することが不可欠です。
消費税の計算は、仕訳一つ一つに消費税区分が正しく設定されていることが前提となるため、日々の経理処理の正確性が重要となります。

消費税の還付が発生する具体的なケース

最終の消費税申告において、消費税の還付が発生するケースは主に以下の状況が考えられます。
最も一般的なのは、課税事業者期間中の仕入れに係る消費税額が、売上に係る消費税額を上回った場合です。
例えば、事業用設備や車両などの高額な固定資産を多額に購入し、多額の仕入れ税額控除が発生した期は、売上にかかる消費税額よりも仕入れにかかる消費税額が多くなることがあります。

また、輸出取引を多く行っていた場合も還付の可能性が高まります。
輸出取引は消費税が免除されるため（ゼロ税率適用）、売上にかかる消費税は発生しませんが、輸出のために国内で行った仕入れには消費税がかかるため、必然的に仕入れ税額が売上税額を上回り、還付が生じやすくなります。
これらのケースでは、税務署に消費税の還付を申請することで、過払い分の消費税を取り戻すことができます。
還付は事業の資金繰りにとっても重要な要素となるため、適用される可能性がある場合は、申告漏れがないようにしましょう。

簡易課税制度適用時の留意点

課税事業者期間中に簡易課税制度を適用していた場合、免税事業者に戻る際の消費税申告にも影響があります。
簡易課税制度は、基準期間の課税売上高が5,000万円以下の事業者が選択でき、みなし仕入れ率を用いて消費税額を計算するため、原則課税に比べて事務負担が軽減されます。
しかし、一度選択すると2年間は原則課税に戻ることができません。

したがって、免税事業者に戻るための最終申告が、簡易課税制度の適用期間中に当たる場合、その期間の消費税計算は簡易課税方式で行われます。
この際、多額の設備投資があったとしても、みなし仕入れ率を超える仕入れ税額控除は受けられません。
もし免税事業者に戻る直前の課税期間に多額の設備投資を計画している場合は、簡易課税制度を選択していることで還付を受けられない可能性があるため、慎重な検討が必要です。
自身の事業状況と制度のメリット・デメリットを比較し、最適な方法を選択することが重要です。

消費税申告書の作成と提出

課税事業者から免税事業者へ戻る際の最終的な消費税申告書作成と提出は、通常の申告と基本的な流れは同じですが、期間が限定される点や、添付書類に注意が必要です。

申告書の様式と記載事項の確認

課税事業者から免税事業者へ戻る際の最終申告には、通常の「消費税及び地方消費税確定申告書」を使用します。
事業者が原則課税制度を選択していた場合は「一般用」、簡易課税制度を選択していた場合は「簡易課税用」の申告書を使用します。
申告書には、課税事業者であった期間に限定した課税売上高、課税仕入れ高、消費税額などを正確に記載する必要があります。

具体的には、申告書第一表の「課税標準額に対する消費税額」欄に課税売上高に応じた消費税額を、「控除対象仕入税額」欄に課税仕入れ等に係る消費税額を記入し、納税額または還付額を算出します。
期間が通常の1年間ではない場合、その旨を明確に記載する箇所はないため、期間が短縮されていることを念頭に置いて計算結果を記入します。
計算誤りがないよう、事前に十分な確認作業を行いましょう。

必要な添付書類と提出方法

消費税申告書を提出する際には、原則として添付書類は不要ですが、以下の書類は申告の根拠となるため、適切に保管しておく必要があります。
特に、課税事業者であった期間の帳簿類、適格請求書（インボイス）を含む請求書、領収書などは、仕入れ税額控除の適用を受けるための重要な証拠書類となります。
税務調査があった場合に提示を求められる可能性があるため、法律で定められた期間（通常7年間）は大切に保管してください。

提出方法は、主に以下の3つがあります。

1. e-Tax（電子申告）: インターネットを通じて自宅やオフィスから申告できます。国税庁のサイトからソフトをダウンロードするか、Web版を利用します。近年、利用が推奨されており、利便性が高いです。
2. 郵送: 申告書を印刷し、必要事項を記入して所轄の税務署へ郵送します。消印有効ですが、余裕を持って送付しましょう。
3. 税務署窓口: 直接、所轄の税務署へ持参して提出します。職員に不明な点を質問することも可能ですが、時期によっては窓口が混雑することがあります。

どの方法を選ぶにしても、提出期限に間に合うように準備を進めることが大切です。

期限内申告の重要性と遅延のリスク

消費税の確定申告には、課税期間終了後2ヶ月以内という提出期限が設けられています。
この期限内に申告書を提出することは極めて重要です。
期限を過ぎて申告した場合、「無申告加算税」や「延滞税」といったペナルティが課せられる可能性があります。
特に、納税すべき消費税額があったにもかかわらず申告が遅れると、これらの追加税金が発生し、本来支払うべき税額よりも多額の負担が生じてしまいます。

また、消費税の還付申告の場合でも、期限内に提出しないと還付金の受け取りが遅れることになります。
資金繰りにも影響を及ぼす可能性があるため、遅延は避けたいところです。
確定申告期間は多忙な時期となるため、早めに必要書類を整理し、計画的に申告書作成を進めることがスムーズな手続きの鍵となります。
不明な点があれば、国税庁の相談窓口や税理士などの専門家に相談することを強くお勧めします。

納税義務と納税期間・納税方法について

課税事業者から免税事業者へ戻る際も、最終的な課税期間については消費税の納税義務が発生します。
この納税義務の範囲や、具体的な納税方法について理解しておくことが重要です。

最終的な納税義務の範囲と納税額の確定

課税事業者であった期間に発生した消費税については、免税事業者へ移行した後も納税義務が残ります。
つまり、免税事業者に戻ったからといって、過去の課税事業者としての納税義務が消滅するわけではありません。
最終的な消費税額は、前述の通り、課税事業者であった最終期間の課税売上高と課税仕入れ高に基づいて計算されます。

この計算により、納税額が確定すれば期限内に納付し、還付額が確定すれば税務署から還付を受けることになります。
インボイス制度導入後の課税事業者転換で発生した消費税についても同様です。
例えば、2023年10月1日から課税事業者となり、2024年3月31日で免税事業者に戻った場合、この6ヶ月間の消費税計算と納税が義務付けられます。
自身の課税期間を正確に把握し、納税額を確定させることが最も重要なステップです。

納税期間と中間申告の取り扱い

消費税の納税期間は、原則として法人は事業年度、個人事業者は1月1日から12月31日までの1年間です。
しかし、課税事業者から免税事業者へ戻る場合は、課税期間の途中で区切られることになります。
例えば、1月1日から12月31日の課税期間の途中で9月30日をもって免税事業者に戻る場合、1月1日から9月30日までの期間が最後の課税期間となります。

また、課税売上高に応じて、年に複数回の中間申告を行っていた事業者もいるでしょう。
中間申告は、前年度の消費税額を基に概算で納税する制度です。
免税事業者に戻る際の最終申告では、この中間申告で納付した金額を差し引いて、最終的な納税額（または還付額）を確定させます。
例えば、中間申告で既に100万円を納付していたが、最終申告の結果、納税額が80万円だった場合、20万円の還付を受けることになります。
中間申告額を忘れずに最終申告に反映させましょう。

多様な納税方法と注意点

確定した消費税額の納税方法には、いくつかの選択肢があります。
主な納税方法は以下の通りです。

• 振替納税: 事前に税務署へ届出を提出することで、指定した金融機関の口座から自動で引き落とされます。納付期限が申告期限よりも約1ヶ月後になるため、資金繰りに余裕が生まれるメリットがあります。
• e-Taxでのダイレクト納付: e-Taxを利用して申告した後、インターネットバンキングを通じて即座に納税が可能です。
• クレジットカード納付: 国税庁の「国税クレジットカードお支払いサイト」を利用して納付できます。ただし、決済手数料がかかる点に注意が必要です。
• コンビニ納付: 納付書（バーコード付き）を利用して、コンビニエンスストアで納付できます。納付できる金額に上限があります。
• 金融機関窓口納付: 納付書を持参し、金融機関の窓口で現金納付します。

どの方法を選ぶにしても、納税期限を厳守することが最も重要です。
期限を過ぎると、前述の通り延滞税が発生するため、計画的に納税準備を進めましょう。
特に振替納税を選択する場合は、事前の届出と口座残高の確認を忘れないようにしてください。

課税事業者から免税事業者への移行は、インボイス制度の影響もあり、これまで以上に複雑になっています。
ご自身の事業状況を正確に把握し、最新の情報を基に適切な対応を取ることが重要です。
ご不明な点がある場合は、税理士などの専門家にご相談されることを強くお勧めします。