ストックオプションの税金：賢く理解し、適切に対処する方法

ストックオプションの税金、基本のキ

ストックオプションとは何か？その魅力と目的

ストックオプション（SO）は、会社が役員や従業員に対し、あらかじめ定められた価格（権利行使価格）で自社の株式を購入できる権利を付与する制度です。

これは、優秀な人材の獲得や、従業員のモチベーション向上、業績と連動したインセンティブとして多くの企業で活用されています。

ストックオプションを受け取る側にとっては、会社の成長とともに株価が上昇すれば、その差額が利益となり、資産形成の大きなチャンスとなる魅力的な制度です。

しかし、この利益には税金がかかるため、その仕組みを正しく理解し、適切に対処することが非常に重要となります。知識が不足していると、予期せぬ高額な税負担に直面する可能性も少なくありません。

税金がかかるってどういうこと？基本原則

ストックオプションに関する税金は、主に「利益」に対して発生します。

この「利益」が発生するタイミングは一度だけでなく、具体的には「権利行使時」と「株式譲渡時」の2つの局面で課税対象となる可能性があります。

「権利行使時」とは、ストックオプションを使って実際に株式を取得する際、その時の株価と権利行使価格との間に生じる差額です。

また、「株式譲渡時」とは、取得した株式を市場で売却した際に、売却価格と取得価格（または権利行使時の評価額）との差額が利益となる場合を指します。これらの利益は、税制上の区分により「給与所得」または「譲渡所得」として課税されます。

税制適格と非適格：まず知るべき大きな違い

ストックオプションの税制を理解する上で、最も重要な区分が「税制適格ストックオプション」と「税制非適格ストックオプション」です。

この違いによって、課税されるタイミングや税率が大きく異なり、結果として手元に残る金額に大きな差が生じます。

• 税制適格ストックオプション：特定の要件を満たすことで、権利行使時には課税されず、株式を売却した時にのみ「譲渡所得」として課税されます。これにより、課税が繰り延べられ、比較的低い税率で済むため、大きな節税効果が期待できます。
• 税制非適格ストックオプション：税制適格の要件を満たさない場合です。この場合、権利行使時に「給与所得」として課税され、さらに株式を売却した時に「譲渡所得」として課税される可能性があります。給与所得としての課税は、所得額によっては高い累進税率が適用されるため、税負担が重くなる傾向にあります。

ご自身が保有するストックオプションがどちらに該当するかを確認することが、賢い税金対策の第一歩です。

ストックオプションの利益、いつ課税される？

課税タイミングその1：権利行使時

ストックオプションにおける「権利行使時」とは、付与された権利を行使し、会社から株式を実際に購入する時点を指します。

この段階で税金が発生するかどうかは、ストックオプションが「税制適格」か「税制非適格」かによって決まります。

税制非適格ストックオプションの場合、権利行使時の株価が権利行使価格を上回っていれば、その差額が「利益」とみなされ、給与所得として課税対象となります。

この給与所得には所得税、復興特別所得税、住民税がかかり、所得額に応じた累進課税が適用されるため、権利行使のタイミングで予想以上の税負担が生じることがあります。

一方、税制適格ストックオプションの場合、要件を満たしていれば、この権利行使時点では課税はされません。課税のタイミングは株式を売却する時まで繰り延べられるため、資金の準備や税負担を分散させやすいという大きなメリットがあります。

課税タイミングその2：株式譲渡時

「株式譲渡時」とは、権利行使によって取得した会社の株式を、証券市場などで第三者に売却する時点を指します。

ストックオプションの種類に関わらず、株式を売却して利益が出た場合には、このタイミングで税金が発生します。

税制適格ストックオプションの場合、株式売却時の売却価格と権利行使価格との差額が「譲渡所得」として課税されます。この際、税率は一律20.315%（所得税15%、住民税5%、復興特別所得税0.315%）です。

税制非適格ストックオプションの場合、売却価格と、権利行使時に給与所得として課税対象となった株価との差額が「譲渡所得」として課税されます。こちらも税率は一律20.315%です。

つまり、ストックオプションの最終的な利益確定と納税は、この株式売却のタイミングで行われることになります。

令和6年度税制改正がもたらす変化

ストックオプションを取り巻く税制は、企業の成長支援や人材確保の観点から、定期的に見直しが行われています。特に注目すべきは、令和6年度税制改正です。

この改正により、スタートアップ企業の成長に資するため、税制適格ストックオプションの要件が大幅に緩和されました。

主な変更点として、まず年間の権利行使限度額が引き上げられました。これにより、より多くのストックオプションを行使しやすくなっています。

• 設立5年未満の株式会社：年間2,400万円まで
• 設立5年以上20年未満の株式会社（非上場または上場後5年未満）：年間3,600万円まで

次に、株式の保管・管理要件が緩和され、M&A時の機動性向上などを目的に、発行会社自身による株式の管理も可能となりました。さらに、スタートアップ企業の成長に貢献する社外高度人材も付与対象に拡大されるなど、より柔軟な制度運用が可能になっています。

これらの改正は、特にスタートアップ企業におけるストックオプションの活用を一層促進し、優秀な人材の確保に貢献することが期待されています。

ストックオプション税金の種類と計算方法

給与所得として課税されるケース（税制非適格）

税制非適格ストックオプションを行使した場合、権利行使時の株価が権利行使価格を上回る部分の差額は、「給与所得」として課税されます。

この給与所得は、ご自身の通常の給与や賞与、その他の所得と合算され、総合課税の対象となります。

適用される税率は、課税所得金額に応じて変動する超過累進税率です。所得税は5%から最大45%まで、住民税は一律10%に加え、復興特別所得税が所得税額の2.1%加算されます。

例えば、他の所得が多い年に権利行使すると、ストックオプションによる利益が加わることで、高い税率区分が適用され、思いがけない高額な税金を支払うことになる可能性があります。

このため、税制非適格ストックオプションの権利行使を検討する際は、ご自身の年間所得全体を見据えた慎重な計画が必要です。

譲渡所得として課税されるケース（税制適格・非適格両方）

ストックオプションで取得した株式を売却して利益が出た場合、その利益は「譲渡所得」として課税されます。これは、税制適格・非適格のどちらのストックオプションにも共通する課税タイミングです。

譲渡所得は、他の所得とは合算されず、申告分離課税として扱われます。その税率は、所得額に関わらず一律で20.315%です（所得税15%、住民税5%、復興特別所得税0.315%）。

• 税制適格ストックオプションの場合：株式売却価格から権利行使価格を差し引いた金額が譲渡所得となります。
• 税制非適格ストックオプションの場合：株式売却価格から、権利行使時に給与所得として課税対象となった株価を差し引いた金額が譲渡所得となります。

総合課税が適用される給与所得と比べると、譲渡所得の税率は比較的低い傾向にあるため、税制適格ストックオプションのメリットが際立ちます。

計算例で見る税負担の具体像

具体的な計算例で、ストックオプションにかかる税金のイメージを掴んでみましょう。ここでは、税制適格ストックオプションの場合を想定します。

【計算例：税制適格ストックオプション】

• 権利行使価格：1株あたり500円
• 売却価格：1株あたり2,500円
• 株式数：5,000株

この場合の譲渡益は、以下の計算式で算出されます。

譲渡益 = (売却価格 – 権利行使価格) × 株式数

　　　　 = (2,500円 – 500円) × 5,000株

　　　　 = 2,000円 × 5,000株 = 10,000,000円

この譲渡益にかかる税金は、申告分離課税の一律税率20.315%を適用します。

税金 = 譲渡益 × 20.315%

　　　　 = 10,000,000円 × 20.315% = 2,031,500円

この例では、1,000万円の利益に対して約203万円の税金がかかることになります。税制非適格の場合は、さらに権利行使時にも給与所得としての課税が発生するため、最終的な税負担はこれよりも重くなる可能性が高いでしょう。

ストックオプション税金対策：知っておきたいポイント

税制適格要件の確認と活用

ストックオプションの税金対策として最も効果的なのは、「税制適格ストックオプション」の要件を満たした上で活用することです。

税制適格のメリットは、権利行使時の課税を繰り延べ、株式売却時にのみ譲渡所得として課税される点にあります。これにより、一時的な資金負担を避けつつ、税率も総合課税より低い一律20.315%で済む可能性が高まります。

税制適格となるためには、以下の主要な要件を満たす必要があります。

• 発行価額：無償で発行されること。
• 権利行使価額：付与決議日後、2年を経過した日から10年後までの間に行使可能であること。
• 付与対象者：会社およびその子会社の取締役、執行役、使用人のみ（令和6年度改正で社外高度人材も拡大）。
• 譲渡制限：第三者への譲渡が禁止されていること。
• 保管委託：証券会社等による保管・管理信託などが必要（令和6年度改正で発行会社自身による管理も可能に）。

これらの要件を企業側が制度設計時に満たし、受け取る側もその内容を把握することが、賢い税金対策の基本です。

株式売却タイミングの戦略的検討

税制適格ストックオプションであっても、株式を売却するタイミングは税負担に大きな影響を与えます。

課税は譲渡所得として発生するため、その年の他の所得との兼ね合いを考慮することが重要です。例えば、退職する年や、たまたま他の所得が少ない年に売却することで、その年の全体の所得税率を抑え、結果的に手元に残る金額を最大化できる可能性があります。

また、市場の動向だけでなく、ご自身のライフプランや将来の資金計画も踏まえ、長期的な視点で最適な売却タイミングを検討しましょう。

株式売却の判断は多岐にわたるため、専門家と相談しながら、慎重に進めることをお勧めします。

確定申告と特定口座（源泉徴収あり）の活用

ストックオプションの権利行使や株式譲渡によって利益が生じた場合、原則として確定申告が必要となります。

確定申告では、「申告書B第一表・第二表」、「申告書第三表（分離課税用）」、そして「株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書」などの書類を準備し、税務署に提出する必要があります。

しかし、納税手続きの手間を大幅に軽減できる便利な制度が特定口座（源泉徴収あり）です。この口座を利用していれば、証券会社が年間の損益計算から税額計算、さらには納税までを代行してくれるため、原則として確定申告は不要になります。

特に、株式の売買が頻繁な方や、確定申告の手間を避けたい方にとっては非常に有効な選択肢です。ただし、医療費控除や住宅ローン控除など、他の控除を受けたい場合は、特定口座（源泉徴収あり）を利用していても確定申告が必要になる場合があるため、注意が必要です。

ストックオプション税金で困った時のQ&A

Q1: ストックオプションの税金、いつまでに支払うの？

ストックオプションの税金をいつまでに支払うかは、課税されるタイミングと種類によって異なります。

税制非適格ストックオプションを権利行使し、給与所得として課税される場合は、通常、企業が源泉徴収を行うため、給与と同じタイミングで納税が完了することが多いです。しかし、別途確定申告が必要なケースでは、原則として権利行使した年の翌年3月15日までに申告・納税が必要です。

株式を売却して譲渡所得が発生した場合（税制適格・非適格共通）は、原則として売却した年の翌年3月15日までに確定申告を行い、税金を支払う必要があります。

ただし、前述の「特定口座（源泉徴収あり）」を利用している場合は、売却時に証券会社が自動的に税金を徴収してくれるため、確定申告や納税の手間は原則として不要です。

期限を過ぎると延滞税が発生することもあるため、ご自身の状況を確認し、早めに手続きを進めることが重要です。

Q2: 確定申告は必ず必要？特定口座って何？

ストックオプションに関連する確定申告は、必ずしも全員が必要というわけではありませんが、多くのケースで必要となります。

確定申告が必要な主なケース：

• 税制非適格ストックオプションを権利行使し、給与所得として課税されたが、源泉徴収では完結しない場合
• 税制適格ストックオプション、または特定口座（源泉徴収あり）を利用していない税制非適格ストックオプションで株式を売却し、譲渡所得が発生した場合

「特定口座」とは、証券会社が投資家のために年間の損益計算や税額計算を代行してくれる口座制度です。

特に「特定口座（源泉徴収あり）」を選択すると、証券会社が利益に対する税金を自動的に徴収し、税務署に納付してくれるため、原則として投資家自身が確定申告を行う手間がなくなります。これは、ストックオプションで得た株式を売却する際に、非常に便利な制度と言えるでしょう。

確定申告の手間を省きたい場合は、ぜひこの特定口座（源泉徴収あり）の利用を検討してみてください。

Q3: 専門家への相談はどんな時にすべき？

ストックオプションの税務は非常に複雑であり、個別の状況によって最適な対応が異なります。そのため、不安を感じた際や判断に迷う場合は、税理士などの専門家に相談することを強くお勧めします。

専門家への相談を検討すべき具体的なケースは以下の通りです。

• ご自身のストックオプションが「税制適格」か「非適格」か判断に迷う場合
• 権利行使や株式売却の最適なタイミングについて具体的なアドバイスが欲しい場合
• 複数のストックオプションを保有している、または他の所得が多く、全体の税負担を最適化したい場合
• 確定申告の手続きに不安がある、または過去の申告に誤りがないか確認したい場合

専門家は、最新の税制情報に基づき、個々の状況に合わせた具体的なアドバイスを提供してくれます。予期せぬ税負担を避け、最大限の節税効果を得るためにも、積極的に専門家の知見を活用しましょう。

【注記】本記事の情報は2025年10月時点の税制に基づいています。税法は改正される可能性がありますので、最新の情報については、必ず税務当局や専門家にご確認ください。

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