通勤手当の仕訳と精算方法！意外と知らない基礎知識を解説

通勤手当の勘定科目と仕訳の基本

通勤手当の基本的な考え方と非課税枠

通勤手当は、従業員の自宅から会社までの通勤にかかる費用を、会社が負担する手当のことです。これは、従業員の経済的負担を軽減し、働きやすい環境を整える上で重要な役割を果たします。

しかし、単に支給すれば良いというわけではなく、所得税や住民税の課税対象とならない「非課税限度額」が定められており、この範囲内で支給することが一般的です。

通勤手段によって非課税限度額は異なり、例えば公共交通機関（電車・バスなど）を利用する場合は月額150,000円までが非課税となります。

マイカーや自転車を利用する場合、通勤距離に応じて非課税限度額が設定されており、例えば片道25km以上35km未満であれば月額18,700円までが非課税です。公共交通機関とマイカーを併用するケースでは、それぞれの非課税限度額を合算した金額（上限150,000円）が適用されます。

【注目！】 2025年4月1日以降、マイカー・自転車通勤者の非課税限度額が引き上げられる可能性があり、例えば片道55km以上の通勤では現行の31,600円から38,700円への引き上げが予想されています。常に最新の情報を国税庁の発表で確認することが重要です。

非課税枠を超えた場合の課税と社会保険への影響

通勤手当が前述の非課税限度額を超えて支給された場合、その超過分は従業員の給与所得とみなされ、所得税および住民税の課税対象となります。

これは、支給された通勤手当の全額が非課税になるわけではなく、あくまで国が定めた範囲内でのみ税金がかからない、という原則があるためです。

さらに、課税対象となった通勤手当の超過分は、社会保険料（健康保険料、厚生年金保険料、介護保険料など）の算定基準となる「標準報酬月額」にも含まれることになります。

これにより、従業員にとっては社会保険料の自己負担額が増加し、会社にとっても社会保険料の会社負担額が増加する可能性があります。そのため、従業員への通勤手当の支給額を決定する際は、この課税・非課税の区分と、それに伴う社会保険料への影響を十分に考慮する必要があります。

非課税限度額を正確に把握し、適切な支給額を設定することは、従業員の納税負担を抑え、かつ会社のコスト管理にとっても非常に重要となります。

ケース別：通勤手当の仕訳方法と勘定科目

通勤手当の仕訳は、その支給方法や非課税・課税の区分によって使用する勘定科目が異なります。一般的な仕訳の例を見ていきましょう。

① 毎月支給される非課税枠内の通勤手当

これは最も一般的なケースで、従業員の通勤費を会社の費用として処理します。「福利厚生費」や「旅費交通費」などの勘定科目を用いることが一般的です。

• 借方： 福利厚生費 / 旅費交通費 ×××円
• 貸方： 普通預金 / 現金預金 ×××円

会社の就業規則や経理規程により、どちらの勘定科目を使用するかが定められています。

② 非課税限度額を超えた課税対象となる通勤手当

非課税限度額を超過した分は、給与所得とみなされるため、他の給与手当と同様に処理されます。この場合、非課税分と課税分を分けて仕訳します。

• 借方： 福利厚生費（非課税分）＋ 給与手当（課税分） ×××円
• 貸方： 普通預金 ×××円

課税分は従業員の給与明細上も「給与所得」として記載され、源泉徴収の対象となります。

③ 定期代をまとめて支給した場合

公共交通機関の定期代を3ヶ月や6ヶ月分まとめて支給するケースでは、支給時に「前払費用」として計上し、毎月「福利厚生費」などに振り替える会計処理を行うこともあります。この方法により、期中の精算（住所変更などによる返金や追徴）が発生した場合でも、残りの期間の費用を適切に管理しやすくなります。

通勤手当の精算方法と注意点

通勤手当の精算が必要となる主なケース

通勤手当は一度支給すれば終わり、というものではなく、従業員の状況変化に応じて精算が必要になる場合があります。主な精算ケースは以下の通りです。

• 住所変更・転居： 従業員が引っ越しをして通勤経路や交通費が変わった場合。
• 部署異動・転勤： 勤務地が変わることで通勤経路が変更になる場合。
• 退職： 支給済みの定期代に未使用期間がある場合など。
• 長期欠勤・休職： 通勤実態がなくなった場合に、その期間の通勤手当の取り扱いを精算する。
• 通勤手段の変更： マイカー通勤から公共交通機関へ変更するなど。

特に定期代を一括支給している場合、これらの変更が発生した際には、過払い分の返金や不足分の追徴といった精算が不可欠となります。会社は、これらの精算ルールを就業規則などで明確に定め、従業員に周知しておくことがトラブル防止につながります。

従業員から速やかに変更申請を提出してもらう体制を整えることも、正確な精算のためには重要です。

公共交通機関利用者の定期代精算の実務

公共交通機関を利用する従業員に定期代を支給している場合、住所変更や退職時などには定期代の精算が必要となります。例えば、3ヶ月定期券を会社が支給した後、従業員が2ヶ月目で転居し、定期区間が変更になったケースを考えてみましょう。

この場合、残りの1ヶ月分の定期代が過払いとなる可能性があります。従業員は定期券の払い戻し手続きを行い、会社は過払い分を精算します。精算方法としては、以下のいずれかが一般的です。

• 給与からの差し引き： 次回の給与支給時に、過払い分の金額を差し引いて支給します。これが最も一般的で、会計処理も比較的スムーズです。給与計算システムでは「マイナス支給」として処理されます。
• 現金での返金： 従業員から直接、会社へ返金してもらうケース。
• 不足分の追徴： 定期区間が長くなったことで、追加の費用が発生した場合は、その分を会社が追徴して支給します。

いずれのケースにおいても、従業員から変更届や定期券の購入領収書、払い戻し証明書などを提出してもらい、事実確認を徹底することが重要です。これにより、正確な精算とトラブルの回避につながります。

マイカー・自転車通勤者のガソリン代等の精算

マイカーや自転車で通勤する従業員に対しては、ガソリン代や自転車の維持費などを考慮した通勤手当が支給されます。これらの精算も、住所変更やガソリン価格の変動などに応じて必要となる場合があります。

ガソリン代の精算は、一般的に従業員が申告する走行距離に基づき、会社の定める燃費基準やガソリン価格単価を用いて計算されます。例えば、「1kmあたり〇〇円」といった基準を設定している会社が多いでしょう。

精算が必要になるのは、主に以下のケースです。

• 住所変更： 通勤距離が変わった場合、支給額の見直しが必要です。
• ガソリン価格の大きな変動： 定額支給の場合でも、市況との乖離が大きくなった場合に見直しの可能性があります。
• 通勤経路の変更： 道路工事などにより迂回が必要になった場合など。

精算においては、従業員からの正確な走行距離の申告が不可欠であり、会社側は定期的に通勤経路の確認や、必要に応じてガソリン価格の見直しを行うことが求められます。実費精算の場合と定額支給の場合では運用が異なるため、就業規則にそれぞれのルールを明確に記載し、従業員に周知することが大切です。

欠勤・退職時の通勤手当の取り扱い

長期欠勤や休職時の通勤手当支給ルール

従業員が病気や怪我、育児・介護などで長期欠勤や休職に入る場合、通勤の実態がなくなるため、通勤手当の支給について見直しや停止が必要となります。この取り扱いは、会社の就業規則に明確に定めるべき重要な項目です。

一般的に、長期欠勤や休職期間中は、通勤の実態がないことから通勤手当の支給を停止するケースが多いです。例えば、1ヶ月以上の休職に入る場合は、その月の通勤手当を日割り計算して支給を停止したり、翌月からの支給を停止したりといった対応が考えられます。

ただし、会社によっては、休職中でも一部の手当を支給する制度を設けている場合もありますので、自社の規定を確認することが重要です。特に、育児休業や介護休業などの法定休業期間においては、労働基準法や育児介護休業法に基づいた適切な対応が求められます。

従業員が休職に入る際には、口頭での説明だけでなく、書面で休職期間中の給与や手当の取り扱いを通知し、誤解やトラブルを防ぐことが肝心です。

退職時における通勤手当の最終精算

従業員が退職する際にも、通勤手当の最終的な精算が必要となります。特に、公共交通機関の定期代をまとめて支給している場合に、この精算が重要になります。

例えば、6ヶ月分の定期代を支給していた従業員が、支給後3ヶ月で退職した場合、残りの3ヶ月分の定期代は会社への返還対象となります。この精算は、最終給与からの差し引きという形で行われることが一般的です。

従業員には、退職時に定期券の払い戻し手続きを行ってもらい、その払い戻し額を会社に返金してもらうか、最終給与から差し引く形で処理します。この際、払い戻し手数料が発生する場合、その費用負担についても事前に取り決めをしておくことが望ましいでしょう。

また、退職日までの通勤実態に応じた日割り計算での支給や、マイカー通勤者のガソリン代についても、退職日までの走行距離に基づいて最終計算を行い、過不足を精算します。正確な精算を行うためには、退職時に速やかに手続きを進めるよう、従業員と連携を取ることが不可欠です。

住所変更が伴わない欠勤・休職期間中の取り扱い

従業員が一時的な欠勤や短期の休職をした場合で、住所変更が伴わないケースでも、通勤手当の取り扱いには注意が必要です。例えば、数日間の体調不良による欠勤や、短期間の研修参加などで通勤手態がない期間が生じることがあります。

このような場合、通勤手当の支給を停止するかどうかは、会社の就業規則や運用の実態によって異なります。多くの会社では、数日程度の欠勤であれば、通勤手当は通常通り支給し続けることが多いです。

しかし、「通勤の実態がない」期間が一定以上続いた場合には、支給を停止するという規定を設けることも可能です。例えば、「連続して〇日以上欠勤した場合、その期間の通勤手当は支給しない」といったルールです。

この点は、従業員の公平感にも関わるため、曖昧な運用を避けるべきです。就業規則に詳細な規定を設け、従業員に明確に周知することで、誤解やトラブルを未然に防ぐことができます。

特に、定期代をまとめて支給している場合は、欠勤期間が長期に及ぶと実態との乖離が生じやすいため、精算のタイミングや方法を定めておくことが賢明です。

通勤手当の時効と請求権について

通勤手当請求権の法的時効と解釈

従業員が会社に対して通勤手当を請求する権利にも、法的な時効が存在します。通勤手当は、賃金の一部とみなされることが多いため、労働基準法における賃金請求権の時効が適用されると解釈されています。

現行の労働基準法では、賃金請求権の時効は原則として2年と定められています。しかし、2020年4月1日に施行された改正民法により、この時効期間が延長され、労働基準法も順次改正されています。

現在は経過措置として、当面の間は賃金請求権の時効は3年とされていますが、将来的には原則として5年に延長される見込みです。この時効期間は、従業員が未払いの通勤手当を遡って請求できる期間を意味します。

つまり、会社が通勤手当を誤って少なく支給していた場合、従業員は時効期間内であれば、その差額の支給を会社に求めることが可能です。そのため、会社は通勤手当の計算と支給を正確に行い、記録を適切に保管することが非常に重要となります。

未払い・過払いがあった場合の対応策

通勤手当において、万が一、未払いや過払いが発生してしまった場合の対応策について解説します。

未払いがあった場合

会社側が従業員への通勤手当の未払いを認識した場合は、速やかに調査を行い、事実が確認でき次第、不足分を従業員に支給する必要があります。従業員から未払いの指摘があった場合も同様です。

この際、労働基準法の時効期間（現行3年）を考慮し、遡って適切な金額を支給します。未払い期間が長引くほど、従業員との信頼関係に影響を及ぼす可能性もあるため、迅速な対応が求められます。

過払いがあった場合

会社が従業員に通勤手当を過剰に支給してしまった場合、従業員からの返金を求めることになります。この場合、過払い分を次回の給与から差し引く形で精算することが一般的です。

ただし、労働基準法24条には「賃金全額払いの原則」があり、従業員の同意なしに一方的に差し引くことはできません。そのため、事前に従業員に説明し、合意を得ておくことが重要です。同意が得られない場合は、個別に返金を求めるなどの対応が必要になります。

いずれの場合も、正確な記録に基づいた透明性の高い対応が、トラブル回避の鍵となります。

就業規則における時効に関する規定の重要性

通勤手当の時効に関するトラブルを未然に防ぐためには、就業規則に明確な規定を設けることが非常に重要です。就業規則は、会社と従業員の間のルールブックであり、通勤手当の支給条件や精算ルールはもちろんのこと、請求権の時効についても明記しておくべきです。

就業規則に以下の内容を盛り込むことで、予期せぬトラブルや不明瞭な状況を回避しやすくなります。

• 通勤手当の計算方法と支給日
• 住所変更や通勤手段変更時の届出義務と期限
• 欠勤、休職、退職時の通勤手当の取り扱いと精算方法
• 未払いや過払いが発生した場合の対応
• 通勤手当請求権の時効に関する規定（法的時効期間を参照）

これらの規定を明確にすることで、従業員は自身の権利と義務を理解しやすくなり、会社側も一貫した対応が可能となります。もし就業規則に規定がない場合、法的な解釈が複雑になったり、従業員との間で認識の齟齬が生じやすくなったりするリスクが高まります。定期的に就業規則を見直し、最新の法改正にも対応させることが大切です。

通勤手当の先払いと遡及支給のケース

通勤手当の先払い（前払い）のメリット・デメリット

通勤手当の支給方法として、毎月支給の他に、数ヶ月分の定期代などを「先払い（前払い）」するケースがあります。この方法には、いくつかのメリットとデメリットが存在します。

メリット

• 従業員の負担軽減： 定期券購入費用を一時的に立て替える必要がなくなり、従業員の金銭的負担が軽減されます。
• 会社側の事務処理効率化： 定期代をまとめて購入・支給することで、毎月の経理処理の手間を省くことができます。

デメリット

• 退職時の精算が複雑化： 先払い後に従業員が退職した場合、未使用期間分の定期代の返金処理が必要となり、精算業務が複雑になります。
• 住所変更時の精算手間： 転居などで通勤経路が変わった場合も、過払い分の精算が発生します。
• 非課税限度額の管理： 先払い額が多すぎると、その月の非課税限度額を超過し、課税対象となる部分が生じる可能性があるため、注意が必要です。
• 資金繰りへの影響： まとまった金額を一度に支給するため、会社のキャッシュフローに一時的な影響を与える可能性があります。

これらの点を考慮し、先払い制度を導入する際は、就業規則に明確なルールを設け、従業員に十分に周知しておくことが重要です。

遡及支給（さかのぼって支給）が必要となる状況

通勤手当は、何らかの理由で過去に遡って支給される「遡及支給」が発生するケースがあります。これは、通常、以下のような状況で起こり得ます。

• 従業員による申請遅延・届け出忘れ： 住所変更や通勤手段の変更があったにも関わらず、従業員が会社への届け出を遅れたり、忘れていたりした場合。
• 会社側のシステムエラー・計算ミス： 経理部門の計算ミスや給与計算システムの不具合により、本来支給されるべき通勤手当が不足していた場合。
• 就業規則の変更に伴う新規定の適用： 通勤手当に関する規定が変更され、その変更が遡及適用されることになった場合。

これらの状況では、過去に遡って不足分の通勤手当を支給する義務が会社に生じます。従業員が損害を受けないよう、事実が判明した時点で速やかに不足分を計算し、支給する対応が求められます。特に従業員からの指摘があった場合は、迅速かつ丁寧な対応が、信頼関係の維持につながります。

先払い・遡及支給における注意点と正確な処理

通勤手当の先払いや遡及支給を行う際には、いくつかの重要な注意点と正確な処理が求められます。

税法上の処理

先払い・遡及支給であっても、通勤手当の非課税限度額のルールは変わりません。特に遡及支給の場合、過去の月に支給されるべきだった手当を現在の月にまとめて支給すると、その月の支給額が非課税限度額を大幅に超過し、多額の課税が生じる可能性があります。

正確には、本来支給されるべきだった各月の非課税限度額に基づいて再計算し、課税対象額を特定する必要があります。税理士と相談し、適切な処理を行うことが重要です。

社会保険料への影響

遡及支給された通勤手当は、それが課税対象となるか否かにかかわらず、原則として「報酬」の一部とみなされ、社会保険料（健康保険、厚生年金など）の算定基礎に含まれる可能性があります。

そのため、遡及支給を行った月の標準報酬月額が変動し、それに伴って社会保険料が増加する場合があります。特に金額が大きい場合は、随時改定の対象になる可能性もあるため、社会保険労務士に相談し、適切な処理を確認してください。

仕訳の複雑化

先払いや遡及支給は、通常の毎月支給とは異なる会計処理が必要となり、仕訳が複雑化します。特に複数月にわたる遡及支給の場合、期間按分や課税区分の正確な見極めが求められます。

給与計算システムを活用し、これらの特殊なケースにも対応できるよう、システムの運用方法を理解しておくことが不可欠です。不明な点があれば、専門家（税理士、社会保険労務士）に相談し、適切な指導を受けることを強く推奨します。