フレックスタイム制の割増賃金！基本から複雑な計算まで徹底解説

フレックスタイム制の割増賃金！基本から複雑な計算まで徹底解説

柔軟な働き方を実現するフレックスタイム制は、多くの企業で導入が進んでいます。しかし、その利便性の裏で、割増賃金の計算は複雑になりがちです。

「清算期間」という独自の概念や、2019年の法改正による変更点など、理解しておくべきポイントが数多く存在します。本記事では、フレックスタイム制における割増賃金の基本から、具体的な計算方法、そしてよくある疑問までを徹底的に解説します。

労働者の方も、人事担当者の方も、この記事を読めば、フレックスタイム制の割増賃金に関する正しい知識を身につけることができるでしょう。

フレックスタイム制における割増賃金の基本

フレックスタイム制の概要と割増賃金が発生する場面

フレックスタイム制は、労働者が日々の始業時刻や終業時刻を自由に決定できる働き方です。この制度では、あらかじめ定められた「清算期間」内（通常1ヶ月、最長3ヶ月）で、会社が設定した総労働時間を満たすことを前提としています。例えば、ある日は多く働き、別の日は少なく働くといった柔軟な調整が可能です。

しかし、このような柔軟な働き方であっても、労働基準法に定められた「法定労働時間」を超過した場合や、「法定休日」に労働した場合、あるいは「深夜時間帯」に労働した場合には、通常の労働時間制度と同様に割増賃金の支払い義務が発生します。

この点が、フレックスタイム制における賃金計算の複雑さの根源とも言えるでしょう。労働時間の柔軟性があるからといって、残業代が発生しないわけではないことを理解することが非常に重要です。

割増賃金の対象となる労働時間と割増率

フレックスタイム制において割増賃金が発生するのは、主に以下の3つのケースです。

• 法定時間外労働：清算期間における総労働時間が、法定労働時間の総枠を超過した場合に適用されます。この場合の割増率は25%以上です。
• 法定休日労働：労働基準法で定められた法定休日に労働した場合に適用されます。これは、フレックスタイム制であっても通常の労働時間制度と同様に扱われ、35%以上の割増率が適用されます。
• 深夜労働：22時から翌朝5時までの深夜時間帯に労働した場合に適用されます。この場合も、通常の労働時間制度と同様に25%以上の割増率が適用されます。

これらの割増率は、それぞれ独立して適用されることもありますが、複数の条件が重なる場合には、それらが加算されて適用されます。例えば、深夜に時間外労働を行った場合は、時間外労働の25%と深夜労働の25%が加算され、合計で50%以上の割増率が適用されます（つまり、通常の1.25倍ではなく、1.5倍となります）。

割増賃金を計算する際の基礎となる「基礎賃金」は、1時間あたりの賃金を指し、家族手当や通勤手当など、一部の手当は算入されません。

清算期間と2019年法改正がもたらした変化

「清算期間」とは、労働者が自由に労働時間を調整できる期間のことで、この期間内の総労働時間で、会社が定めた総労働時間を満たすことになります。これまでの清算期間は最長1ヶ月と定められていました。

しかし、2019年4月1日に施行された働き方改革関連法により、フレックスタイム制に関する大きな法改正が行われました。その最も重要な変更点の一つが、清算期間の上限延長です。これにより、これまで最長1ヶ月だった清算期間が、最長3ヶ月まで延長可能となりました。

清算期間が長くなることで、労働者はより長いスパンで労働時間を調整できるようになり、例えば繁忙期に多く働き、閑散期にその分を調整するといった柔軟性が高まりました。ただし、清算期間を1ヶ月を超える期間とする場合は、労使協定を締結し、所轄の労働基準監督署長への届出が義務付けられています。この届出を怠ると、清算期間の延長は認められず、実質的に1ヶ月清算として扱われるため、企業は注意が必要です。

「時間外労働」と「法定休日労働」の判断基準

清算期間における時間外労働の正確な判断基準

フレックスタイム制における「時間外労働」の判断は、通常の労働時間制度とは異なる特殊な基準に基づいて行われます。最も重要なのは、「清算期間における総労働時間が、法定労働時間の総枠を超過した場合のみ、時間外労働として割増賃金が発生する」という点です。

例えば、清算期間が1ヶ月の場合、その月の暦日数に応じて法定労働時間の総枠が決定されます。具体的には、「1週間の法定労働時間（40時間） × (清算期間の総日数 ÷ 7)」で算出されます。仮に清算期間が30日の月であれば、約171.4時間（40時間 × 30日 ÷ 7）が法定労働時間の総枠となります。労働者がこの総枠を超えて労働した場合に初めて、その超過時間に対して25%以上の割増賃金が支払われることになります。

日々の労働時間が8時間を超えても、週の労働時間が40時間を超えても、清算期間内の総労働時間が法定労働時間の総枠に収まっていれば、時間外労働にはなりません。この柔軟性がフレックスタイム制の最大の特徴であり、同時に計算を複雑にする要因でもあります。

フレックスタイム制でも変わらない法定休日労働の扱い

フレックスタイム制が導入されていても、「法定休日労働」に関する扱いは、通常の労働時間制度と全く同じです。労働基準法では、使用者は労働者に対して毎週少なくとも1回の休日、または4週間を通じて4日以上の休日を与えなければならないと定められており、これが「法定休日」となります。

この法定休日に労働した場合、会社は労働者に対して35%以上の割増賃金を支払う義務があります。これは、労働時間の柔軟な調整が可能なフレックスタイム制であっても変わりません。休日を振り替えた場合と、代休を取得した場合とで割増賃金の発生有無が変わる点にも注意が必要です。

休日の振替の場合は、あらかじめ休日と労働日を交換するため、振替られた休日に労働しても休日労働とはならず、割増賃金は発生しません。一方、代休の場合は、いったん休日労働が発生し、その後別の日に休みを取得するため、休日労働に対する35%以上の割増賃金は支払われることになります。会社が指定する所定休日と、法定休日を区別して管理することが重要です。

深夜労働とその他の割増賃金の適用

「深夜労働」についても、フレックスタイム制であっても通常の労働時間制度と同様のルールが適用されます。労働基準法において、22時から翌朝5時までの時間帯は「深夜」と定められており、この時間帯に労働した場合には、25%以上の割増賃金が支払われます。

深夜労働の割増賃金は、法定時間外労働や法定休日労働とは独立して適用される性質を持っています。そのため、例えば時間外労働が深夜時間帯に及んだ場合、時間外労働の割増率（25%以上）に加えて、深夜労働の割増率（25%以上）が加算され、合計で50%以上の割増賃金（1.5倍）が発生します。

その他にも、特定の危険有害業務に対する割増賃金や、育児・介護休業法に基づく短時間勤務者の労働時間に関する特例など、様々な労働時間制度との兼ね合いを考慮する必要があります。企業はこれらの複数の割増賃金が適切に適用されているかを確認し、労働者も自身の労働状況に応じて適切な賃金が支払われているかを把握することが大切です。

フレックスタイム制の割増賃金計算方法を具体例で理解

基本的な時間外労働の計算ステップ

フレックスタイム制における時間外労働の計算は、以下のステップで進められます。通常の労働時間制度とは異なるため、特に清算期間内の「法定労働時間の総枠」を正しく把握することが重要です。

1. 清算期間の法定労働時間総枠の算出： まず、清算期間の日数に基づいて、その期間の法定労働時間の総枠を計算します。
   例：1ヶ月（30日）の場合、40時間（週の法定労働時間） × 30日 ÷ 7 ≒ 171.4時間。
2. 清算期間の実労働時間の集計： 清算期間内に労働者が実際に労働した総時間を集計します。
3. 超過時間の算出： ステップ2で集計した実労働時間が、ステップ1で算出した法定労働時間総枠を超過した場合、その超過分が時間外労働となります。
   例：法定総枠171.4時間、実労働時間190時間の場合、190時間 – 171.4時間 = 18.6時間が時間外労働。
4. 基礎賃金の算出： 1時間あたりの基礎賃金を算出します。月給制の場合は、月給から除外手当を引いた額を、月の所定労働時間で割って計算します。
5. 割増賃金の計算： 超過時間 × 基礎賃金 × 割増率（25%以上）で割増賃額が算出されます。
   例：基礎賃金2,000円、超過時間18.6時間の場合、18.6時間 × 2,000円 × 1.25 = 46,500円。

この基本的なステップを理解することで、フレックスタイム制の時間外労働計算の全体像が見えてきます。

清算期間が1ヶ月超の場合の具体的な計算例

2019年の法改正により、清算期間が最長3ヶ月まで延長されたことで、割増賃金の計算はさらに複雑になりました。清算期間が1ヶ月を超える場合、以下の2段階で時間外労働を判断します。

まず、「各月」において週平均50時間を超えた労働時間がある場合、その超過時間はその月の時間外労働として、25%以上の割増賃金を支払う義務があります。これは、清算期間の最終的な調整を待たずに、長時間労働を抑制するための先行支払い義務です。例えば、清算期間が3ヶ月で、ある月に労働時間が著しく長くなり週平均50時間を超えた場合、その月の給与で超過分の割増賃金を支払う必要があります。

次に、清算期間全体の終了時に、清算期間全体の総労働時間が法定労働時間の総枠を超過しているかを確認します。この総枠は、清算期間の総日数に基づき「40時間 × (清算期間の総日数 ÷ 7)」で算出します。清算期間全体の総枠を超過した時間から、すでに各月で週平均50時間超えとして支払った時間外労働分を差し引いた残りが、改めて時間外労働として精算されます。この複雑な計算は、労使協定の規定に基づき適切に行われる必要があります。

複雑なケース：月途中入社・退社時の計算ルール

清算期間の途中で入社または退社した労働者の割増賃金計算は、特に注意が必要です。このような場合、労働者が清算期間全体で労働していないため、通常の清算期間全体の法定労働時間の総枠を単純に適用することはできません。

参考情報にもある通り、「清算期間を1ヶ月以上に設定している場合、労働した時間が清算期間に満たない場合は、実際に労働した時間を平均し、週40時間を超えて労働していた場合、その超過分について25%以上の割増賃金の支払いが必要になります。」

具体的には、労働者が実際に労働した期間を一つの清算期間とみなし、その期間の総労働時間をその期間の総日数で割り、さらに7を掛けることで週平均労働時間を算出します。この週平均労働時間が40時間を超えている場合、その超過分に対して割増賃金が発生します。例えば、清算期間が3ヶ月の会社に2ヶ月目で入社し、その月を終えた時点で労働時間が著しく長かった場合などがこれに該当します。

企業は、中途入社・退社者が発生した際に、このルールを適用し、不当な賃金不払いが起こらないよう、正確な労働時間管理と計算を行う義務があります。

月給制・時給制、月途中入社の場合の注意点

月給制における基礎賃金の算出方法

割増賃金を計算する上で不可欠なのが、1時間あたりの「基礎賃金」です。時給制の場合はシンプルに時給が基礎賃金となりますが、月給制の場合は、月給を時間あたりの賃金に換算する必要があります。

月給制の基礎賃金は、「（月給 － 除外手当） ÷ 1ヶ月の平均所定労働時間」という式で算出されます。ここで重要なのが、「除外手当」の存在です。労働基準法では、家族手当、通勤手当、別居手当、子女教育手当、住宅手当、臨時に支払われた賃金、1ヶ月を超える期間ごとに支払われる賃金は、割増賃金の基礎から除外できると定められています。

したがって、月給にこれらの手当が含まれている場合、それらを除外した金額で計算しなければなりません。例えば、月給30万円（基本給25万円、通勤手当2万円、住宅手当3万円）で、1ヶ月の平均所定労働時間が160時間の場合、基礎賃金は（25万円 ÷ 160時間）＝ 1,562.5円となります。この基礎賃額が誤っていると、時間外労働の計算結果全体が狂ってしまうため、正確な算出が求められます。

月途中入社・退社者に適用される割増賃金ルール

清算期間の途中で入社または退社した労働者の割増賃金計算は、通常の計算とは異なる特別なルールが適用されます。

これは、参考情報にも明記されているように、「清算期間を1ヶ月以上に設定している場合、労働した時間が清算期間に満たない場合は、実際に労働した時間を平均し、週40時間を超えて労働していた場合、その超過分について25%以上の割増賃金の支払いが必要になります。」というものです。

具体的には、労働者が実際に労働した期間を対象とし、その期間内の総労働時間から、その期間の法定労働時間（週40時間×実際に労働した週数）を差し引いた時間が時間外労働となります。このルールは、清算期間の柔軟性を悪用して、短期間の労働者に対して不当な労働を強いたり、適切な割増賃金を支払わない事態を防ぐために設けられています。企業は、月途中入社・退社の従業員がいる場合、この特例計算を忘れることなく適用し、賃金の適正な支払いを徹底する必要があります。

週平均50時間超えの労働に対する特別な取り扱い

清算期間が1ヶ月の場合であっても、労働者の健康維持のため、特別な規制が設けられています。

参考情報にある通り、「清算期間が1ヶ月の場合、1ヶ月ごとに週平均50時間を超えた労働時間に対して25%以上の割増賃金の支払いが義務付けられています。」これは、通常の清算期間における法定労働時間の総枠を超えた時間外労働とは別に、1ヶ月という短い期間における過度な労働を抑制するための措置です。

例えば、ある月の総労働時間が著しく長く、週平均で50時間を超えた場合、たとえ清算期間全体の総労働時間が法定総枠内に収まる見込みであったとしても、この週平均50時間超えの部分に対しては、その月の賃金計算時に25%以上の割増賃金を支払う必要があります。これは労働者の健康保護を目的としたものであり、企業は月ごとの労働時間を厳しく管理し、この基準を超過しないよう注意を払うか、超過した場合には適切に割増賃金を支払う義務があります。

このルールは、特に繁忙期などに一時的に労働時間が長くなりがちなフレックスタイム制の職場で、過重労働を未然に防ぐ重要な役割を果たしています。

割増賃金に関するよくある疑問を解決

フレックスタイム制でも法定休日・深夜手当は必ずつくのか？

はい、フレックスタイム制であっても、法定休日労働や深夜労働については、通常の労働時間制度と同様に割増賃金の対象となります。これは、フレックスタイム制が労働時間の「始業・終業時刻の決定」や「清算期間内の総労働時間の調整」に柔軟性を持たせる制度であるため、法定休日や深夜労働といった「労働そのものに対する特別な時間帯の評価」とは区別されるからです。

つまり、労働者が法定休日に労働すれば35%以上の割増賃金が、深夜時間帯（22時～5時）に労働すれば25%以上の割増賃金が、それぞれ発生します。これらの割増賃金は、清算期間内の総労働時間が法定労働時間の総枠を超過しているかどうかとは関係なく、個別に発生するものです。例えば、コアタイムがない完全フレックス制で、深夜に1時間だけ労働した場合でも、その1時間には深夜割増手当が発生します。この点は、フレックスタイム制に対するよくある誤解の一つですので、労働者も企業も正確に理解しておくことが重要です。

清算期間を長く設定すると残業代は減るという誤解は？

いいえ、清算期間を長く設定したとしても、法定労働時間の総枠を超える労働に対しては必ず割増賃金が支払われます。残業代が不当に減るということはありません。この誤解は、清算期間が長くなることで、労働者がより長い期間で労働時間を調整できるようになるため、個々の月では残業時間が少なくなるように「見える」ことから生じるものと考えられます。

例えば、清算期間が3ヶ月の場合、ある月に多く働いても、次の月でその分を調整し、清算期間全体の総労働時間が法定労働時間の総枠内に収まれば、その期間においては時間外労働は発生しません。しかし、清算期間全体の総労働時間が法定労働時間の総枠を超過した場合は、その超過時間に対して割増賃金が支払われます。また、清算期間が1ヶ月を超える場合でも、月ごとに週平均50時間を超える労働時間が発生した場合は、その月の給与で先行して時間外割増賃金が支払われる義務があるため、長時間労働が放置されることはありません。

清算期間の延長は、労働者に働く時間の自由度を高めるものであり、残業代を不当に削減する目的で利用されるべきではありません。

違法な運用事例とその対処法

フレックスタイム制は本来、労働者の働き方をより柔軟にするための制度ですが、その複雑さゆえに、企業による不適切な、あるいは違法な運用が行われるケースも残念ながら存在します。

よくある違法な運用事例としては、以下のようなものが挙げられます。

• 長時間労働の強要：フレックスタイム制であることを理由に、労働者に対して過度な長時間労働を強要し、清算期間終了時に「自己責任」として残業代を支払わない。
• 割増賃金なしでの残業：清算期間内の総労働時間が法定労働時間の総枠を超過しているにもかかわらず、その超過分に対して割増賃金を支払わない。
• 法定休日・深夜労働手当の不払い：法定休日や深夜時間帯の労働に対して、適切な割増賃金を支払わない。
• 労使協定の不備・未届：清算期間を1ヶ月以上に設定しているにもかかわらず、必要な労使協定を締結していなかったり、労働基準監督署長に届け出ていない。

もし、このような違法な運用に直面した場合は、泣き寝入りすることなく、適切な対処を取ることが重要です。まずは、会社の人事担当者や上司に相談し、改善を求めるのが第一歩です。それでも解決しない場合は、労働基準監督署への相談が有効です。また、労働問題に詳しい弁護士や社会保険労務士などの専門家に相談することも、法的な観点からのアドバイスやサポートを受ける上で非常に有効な手段となります。

労働者自身も、自身の労働時間や賃金計算について正しい知識を持つことで、不当な扱いから身を守ることができます。企業側も、コンプライアンスを遵守し、適正なフレックスタイム制の運用を心がけることが、従業員のエンゲージメント向上にも繋がります。