フレックスタイム制の「不足時間」を徹底解説！控除、繰り越し、残業との関係

フレックスタイム制の「不足時間」を徹底解説！控除、繰り越し、残業との関係

フレックスタイム制は、労働者が日々の始業・終業時刻を自分で決められる柔軟な働き方として、多くの企業で導入が進められています。しかし、この制度特有の「不足時間」の取り扱いについては、しばしば疑問や誤解が生じがちです。

本記事では、フレックスタイム制における不足時間とは何か、発生した場合の賃金控除や翌期間への繰り越し、さらには法定労働時間や残業との関係、みなし残業や変形労働時間制との違いまで、最新の正確な情報を分かりやすく解説します。

ご自身の会社での運用や、これからフレックスタイム制の導入を検討されている方にとって、この記事が適切な理解の一助となれば幸いです。

フレックスタイム制の不足時間とは？ 基本的な仕組みと計算方法

フレックスタイム制の基本と「総労働時間」

フレックスタイム制とは、労働者が日々の始業・終業時刻や労働時間を、自身で自由に決定できる制度です。これにより、個々の生活状況や業務の都合に合わせて、柔軟な働き方を実現できます。

この制度の根幹にあるのが「清算期間」と「総労働時間」の概念です。清算期間とは、労働時間を計算する単位となる一定の期間を指し、1週間以上3ヶ月以内で設定されます。例えば、多くの企業では1ヶ月を清算期間としています。

そして、この清算期間内に労働者が働くべきと定められた時間の合計が「総労働時間」です。例えば、清算期間が1ヶ月（約4週間）で、週の法定労働時間が40時間の場合、総労働時間は「40時間 × 4週間 ＝ 160時間」といった形で計算されます。

このような柔軟な制度は、特に大手企業での導入が進んでおり、従業員数1,000人以上の企業では28.7%と高い導入率を誇ります。労働者のワークライフバランス向上や生産性向上を目的として、今後さらに普及が期待されています。

「不足時間」の明確な定義と発生要因

フレックスタイム制における「不足時間」とは、清算期間終了時点で、労働者の実際の労働時間（実労働時間合計）が、あらかじめ定められた「総労働時間」に満たない場合に発生する時間の差を指します。

この不足時間は、様々な要因で発生する可能性があります。例えば、清算期間中に有給休暇以外の理由で欠勤が多かったり、体調不良や個人的な事情で予定よりも早く退勤する日が多かったりする場合に生じやすくなります。また、業務量が少なかったために、結果的に総労働時間に達しなかったというケースも考えられます。

重要なのは、「1日の労働時間が短かったり、コアタイムに遅刻・早退しただけで、直ちに賃金控除の対象となるわけではない」という点です。フレックスタイム制では、清算期間というある程度の長いスパンで労働時間を管理するため、日々の労働時間の過不足は、まずは清算期間内で調整されるのが原則です。

不足時間の有無は、あくまで清算期間が終了した時点で、その期間全体の実労働時間を総労働時間と比較して初めて確定されます。

不足時間の計算方法と確認の重要性

不足時間の計算は、非常にシンプルです。清算期間が終了した時点で、まずその期間における労働者の「実労働時間合計」を算出します。

次に、この「実労働時間合計」を、事前に定められた「総労働時間」と比較します。もし実労働時間合計が総労働時間に満たない場合、その差が不足時間となります。

計算式は以下の通りです。

不足時間 ＝ 総労働時間 － 実労働時間合計

例えば、清算期間1ヶ月の総労働時間が160時間と設定されており、実際に働いた時間が150時間だった場合、不足時間は「160時間 － 150時間 ＝ 10時間」となります。

この計算と確認は、従業員自身にとっても企業側にとっても極めて重要です。従業員は自身の労働時間管理を適切に行い、不足が生じないよう意識する必要があります。

企業側は、正確な勤怠管理システムを導入し、労働時間の記録と集計を効率化することが求められます。これにより、清算期間終了時に正確な不足時間を把握し、適切な処理を行うことが可能になります。制度の透明性を保ち、従業員との不要なトラブルを防ぐためにも、労働時間の状況を従業員に常に可視化しておくことが望ましいでしょう。

不足時間が発生した場合の処理：控除と繰り越しについて

賃金控除（給与カット）の仕組みと法的根拠

不足時間が発生した場合の対応策の一つとして、「賃金の控除」、すなわち給与から不足時間分の賃金を差し引く方法があります。

これは、労働基準法の「ノーワーク・ノーペイの原則」に基づいています。この原則は、「労働者は労働した時間に対してのみ賃金を受け取る権利がある」という考え方です。つまり、清算期間内に会社が定めた総労働時間に達しなかった場合、その足りない分の労働に対しては賃金を支払う義務がない、と解釈されるわけです。

具体的な控除額は、不足時間に対して労働者の時給を乗じて計算されます。例えば、時給1,500円の従業員が10時間の不足時間を出した場合、1,500円 × 10時間 ＝ 15,000円がその月の給与から控除されることになります。

ただし、この賃金控除は、清算期間が終了し、不足時間が確定した後の給与支払い時に行われるのが一般的です。日々の遅刻や早退が直ちに給与控除に結びつくわけではない点に注意が必要です。控除を行う際は、事前に就業規則や労使協定でその旨を明確に定め、従業員に周知しておくことが不可欠です。

翌期間への繰り越しの条件と注意点

不足時間のもう一つの対応策は、「翌期間への繰り越し」です。これは、発生した不足時間を翌清算期間の総労働時間に上乗せし、その期間内で不足分を埋め合わせる形で就労する方法です。

この方法は、従業員にとっては賃金が減額されないというメリットがあります。また、企業側にとっても、一時的な労働時間の偏りを柔軟に吸収できるため、制度の運用が円滑になります。

しかし、繰り越しにはいくつかの条件や注意点があります。原則として、不足時間を繰り越せるのは「次の清算期間」までとされています。つまり、一度不足時間が発生した場合、それを複数期間にわたって繰り越し続けることはできません。また、会社によっては、繰り越せる時間の上限（例：10時間までなど）を設けている場合もあります。

加えて、総労働時間を超過した「超過時間」（残業時間）を翌期間に繰り越すことはできません。超過時間が発生した場合は、原則として時間外労働として割増賃金を支払う必要があります。繰り越しのルールは、就業規則や労使協定で詳細に定められるべきであり、従業員は自身の会社のルールを正確に把握しておくことが重要です。

不足時間処理に関する労使間の取り決めと周知の重要性

フレックスタイム制において不足時間が発生した場合の処理方法（賃金控除か繰り越しか、あるいはその両方をどのように組み合わせるか）は、企業と労働者の間で事前に明確に取り決められている必要があります。

この取り決めは、就業規則や、必要に応じて労使協定（労働基準法に定められた事項を労使間で合意する書面）に明記されるべきです。特に、清算期間が1ヶ月を超えるフレックスタイム制を導入する企業は、労使協定の締結だけでなく、労働基準監督署への届け出が義務付けられています。

もしこの届け出を怠った場合、30万円以下の罰金が科される可能性もあります。これは「働き方改革」に伴う労働基準法改正により、罰則の対象となる内容の一つです。

また、これらのルールは単に定めて終わりではなく、全ての従業員に徹底的に周知されることが極めて重要です。新入社員研修や定期的な説明会を通じて、制度の目的、仕組み、そして不足時間が発生した場合の具体的な対応方法について、丁寧に説明する必要があります。

従業員が制度を正しく理解していれば、自身の労働時間管理に対する意識も高まり、不足時間の発生を未然に防ぐことにもつながります。結果として、労使間の不要なトラブルを回避し、フレックスタイム制が円滑かつ効果的に運用される基盤が築かれるでしょう。

法定労働時間・残業時間との関係：不足時間と法的な扱いの違い

フレックスタイム制における「残業」の考え方

フレックスタイム制における「残業」、すなわち時間外労働の考え方は、一般的な労働時間制とは異なります。

フレックスタイム制では、1日の労働時間が8時間を超えたとしても、直ちに時間外労働とはみなされません。例えば、ある日に10時間働いたとしても、その後の日に6時間働くなどして、清算期間全体の「総労働時間」内に収まっていれば、それは時間外労働にはなりません。

では、どのような場合に残業となるのでしょうか。フレックスタイム制で時間外労働とみなされるのは、「清算期間内の実労働時間の合計が、労使協定で定めた総労働時間を超えた場合」です。この超過した時間が、時間外労働として割増賃金の支払い対象となります。

例えば、清算期間1ヶ月の総労働時間が160時間と設定されている会社で、ある従業員の実労働時間合計が175時間だった場合、175時間 – 160時間 ＝ 15時間が時間外労働として扱われ、割増賃金が支払われることになります。このような労働時間管理の特殊性を理解することが、フレックスタイム制を正しく運用する上で不可欠です。

法定労働時間との違いと割増賃金の発生条件

フレックスタイム制においては、清算期間ごとに定められた「総労働時間」が基準となりますが、同時に労働基準法で定められた「法定労働時間」の総枠も意識する必要があります。

法定労働時間は原則として「1日8時間、1週40時間」ですが、フレックスタイム制では、清算期間の長さによって法定労働時間の総枠が定められます。

例えば、清算期間が1ヶ月の場合、その期間の暦日数に応じて法定労働時間の総枠が決定されます（例：31日の月であれば177.1時間、30日の月であれば171.4時間）。

この法定労働時間の総枠を超える労働時間、および労使協定で定めた総労働時間を超える労働時間の両方が、時間外労働として割増賃金の対象となります。具体的には、以下のいずれか、または両方を超える部分が割増賃金の対象です。

1. 清算期間における実労働時間合計が、労使協定で定めた総労働時間を超える部分
2. 清算期間における実労働時間合計が、法定労働時間の総枠（週平均40時間を超える部分）

通常、企業が設定する「総労働時間」は、この法定労働時間の総枠を超えないように設定されています。しかし、従業員の実労働時間が、設定された総労働時間だけでなく、法定労働時間の総枠をも超えた場合、その超過分に対しては、当然ながら25%以上の割増賃金を支払う義務が発生します。

休憩時間の法的扱いとフレックスタイム制の特例

フレックスタイム制を導入している企業であっても、労働基準法で定められた休憩時間の付与義務は免除されません。

労働時間が6時間を超える場合は45分以上、8時間を超える場合は1時間以上の休憩を、労働時間の途中に与える必要があります。これは、労働者の健康維持と安全確保のために設けられた重要な規定です。

休憩時間は原則として「一斉休憩の原則」が適用されますが、フレックスタイム制では、従業員がそれぞれ異なる時間帯に休憩を取ることを希望するケースも多いでしょう。このような場合、企業は労使協定を締結することで、この一斉休憩の原則から適用を除外し、従業員が個別に休憩時間を取得できるようにすることが可能です。

ただし、労使協定を結んだとしても、休憩時間自体を与えない、あるいは法定の時間を下回る休憩時間しか与えない、といったことは認められません。休憩時間の設定が従業員の裁量に委ねられる部分があるとしても、その取得を促し、法的に適切な休憩時間が確保されているかを確認する責任は、企業側にあります。適切な休憩は、従業員の集中力維持や疲労回復に不可欠であり、生産性向上にも繋がります。

みなし残業（みなし労働時間制）との併用・違いについて

みなし残業（固定残業代）制度の基本

みなし残業（固定残業代）制度とは、あらかじめ一定時間分の残業（時間外労働、休日労働、深夜労働）を見込んで、その分の賃金を毎月固定給として支払う制度です。これは、実際の残業の有無や時間にかかわらず、一定額の残業代が支払われるという特徴を持っています。

この制度は、特に営業職など、労働時間の管理が難しい職種や、従業員が自身の裁量で業務を進めることが期待される職種で導入されることがあります。固定残業代を導入することで、従業員は給与が安定し、企業側は給与計算の簡素化や人件費の予測可能性を高められるという側面があります。

しかし、みなし残業制度には重要な注意点があります。それは、実際に残業した時間が固定残業代として見込まれた時間を超えた場合、企業は超過分の残業代を別途支払う義務があるということです。固定残業代を支払っているからといって、無制限に労働をさせることは許されません。

また、固定残業代が基本給と明確に区分されて明示されていること、そしてその算定根拠や金額が適切であることも重要です。不適切な運用は、労働基準法違反やトラブルの原因となるため、導入には細心の注意が必要です。

フレックスタイム制とみなし残業の併用は可能か？

フレックスタイム制とみなし残業制度は、理論上は併用可能とされています。しかし、その運用は非常に複雑であり、慎重な検討が求められます。

フレックスタイム制では、残業時間の発生が「清算期間内の総労働時間超過」という形で判断されます。一方、みなし残業制度は、毎月一定時間分の残業代を固定で支払うものです。

この二つの制度を併用する場合、フレックスタイム制で発生した清算期間内の総労働時間超過分と、みなし残業として設定された時間とをどのように対応させるかが大きな課題となります。例えば、フレックスタイム制で総労働時間を5時間超過し、みなし残業が10時間に設定されていた場合、残りの5時間分の残業代はどのように扱うのか、といった具体的な計算や処理のルールを明確にする必要があります。

併用する場合は、就業規則や賃金規程にその旨を詳細に記載し、「フレックスタイム制における清算期間の超過労働時間について、〇時間分をみなし残業として取り扱う」といった具体的な内容を明記する必要があります。また、従業員に対しては、両制度がどのように適用され、給与がどのように計算されるのかを、丁寧かつ分かりやすく説明することが不可欠です。透明性の欠如は、従業員の不信感やトラブルに直結するため、専門家と相談の上、慎重な制度設計が求められます。

両制度の根本的な違いと導入時の注意点

フレックスタイム制とみなし残業制度は、一見すると労働時間の柔軟性に関連するように見えますが、その目的とアプローチには根本的な違いがあります。

フレックスタイム制は、労働者が日々の労働時間を自律的に決定することで、ワークライフバランスの向上や業務効率化を図ることを目的としています。これは、労働時間の「配分」に関する制度です。

これに対し、みなし残業制度は、特定の労働時間に対して発生する賃金の「支払い方」を規定する制度であり、主に残業代の計算と支払いの簡素化を目的としています。労働時間の管理義務を免除するものではなく、企業には引き続き従業員の労働時間を適正に把握する義務があります。

この根本的な違いから、両制度の安易な併用は複雑な労務管理を生み出し、トラブルの温床となりやすい傾向があります。特に、労働者保護の観点から、みなし残業制度は厳しくチェックされることが多いため、不適切な運用は法的なリスクを伴います。

もし両制度の併用を検討するのであれば、以下の点に細心の注意を払う必要があります。

• 就業規則や賃金規程に、両制度の適用関係と計算方法を極めて明確に記載すること。
• 固定残業代が、フレックスタイム制で発生しうる残業時間を適切にカバーしているか、あるいは超過時の追加支払いのルールが明確かを確認すること。
• 従業員への十分な説明と合意形成を行うこと。
• 労働時間把握の義務は免除されないため、引き続き正確な勤怠管理を行うこと。

制度設計においては、労働法に詳しい弁護士や社会保険労務士といった専門家と十分に相談し、法的リスクを最小限に抑えることが強く推奨されます。

フレックスタイム制と変形労働時間制：併用や違いを理解する

変形労働時間制の基本的な仕組み

変形労働時間制とは、業務の繁閑に応じて労働時間を柔軟に配分することで、特定の期間（1ヶ月、1年、1週間など）において、週平均の労働時間を法定労働時間内に収める制度です。これは、労働基準法で定められた「労働時間」に関する特例の一つです。

例えば、1ヶ月単位の変形労働時間制では、月の前半は業務が忙しいため1日10時間労働とする一方、月の後半は比較的暇なので1日6時間労働とする、といった調整が可能です。これにより、月全体の平均労働時間が週40時間以内であれば、1日8時間を超える労働があっても、直ちに残業とはなりません。

この制度の主な目的は、企業の業務特性（季節性や周期的な繁閑）に合わせて、効率的な労働時間の運用を実現し、残業時間の削減や人件費の適正化を図ることにあります。導入には、労使協定の締結や就業規則への明記、労働基準監督署への届け出が必要となります。

変形労働時間制は、労使の合意に基づき、労働日や各日の労働時間を具体的に特定して設定される点が特徴です。これにより、業務の変動が大きい業種や職種において、労働時間の柔軟な運用を可能にしています。

フレックスタイム制と変形労働時間制の主な違い

フレックスタイム制と変形労働時間制は、ともに労働時間を柔軟にする制度ですが、その「柔軟性の与え方」と「目的」に大きな違いがあります。以下の表でその違いをまとめました。

簡単に言えば、フレックスタイム制は「いつ働くか」を労働者が選び、変形労働時間制は「いつどれだけ働くか」を会社が指示して期間内で調整する、という違いがあります。フレックスタイム制は個人の裁量度が高い一方、変形労働時間制は業務都合を優先した制度と言えるでしょう。

両制度の併用は可能か？導入時の法的注意点

フレックスタイム制と変形労働時間制の併用は、実務上、極めて困難であり、厚生労働省も推奨していません。

その理由は、両制度の根本的な仕組みが矛盾するためです。変形労働時間制は、企業が労働日ごとの労働時間を具体的に特定し、事前に労働者に伝えることを前提としています。例えば、「この日は10時間、この日は6時間」と明確に定めます。これに対し、フレックスタイム制は、労働者が日々の始業・終業時刻や労働時間を自由に決定することを主眼としています。

企業が各日の労働時間を特定する変形労働時間制と、労働者が各日の労働時間を自由に決めるフレックスタイム制は、制度の設計思想が相容れないため、両方を同時に適用することは現実的に不可能です。

しかし、誤解してはならないのは、「会社内で複数の労働時間制を導入すること」は可能であるという点です。例えば、営業部門にはフレックスタイム制を適用し、製造部門には1ヶ月単位の変形労働時間制を適用する、といった運用は問題ありません。

もし、両制度を何らかの形で併用するような制度設計を検討するのであれば、その法的解釈と運用について、必ず労働法に詳しい専門家（弁護士や社会保険労務士）と綿密に相談してください。不適切な制度設計は、労働基準法違反となり、罰則の対象となるだけでなく、従業員との間に深刻なトラブルを引き起こすリスクがあります。いずれの制度を導入するにしても、就業規則への明記、労使協定の締結、そして従業員への十分な周知が、円滑な運用には不可欠です。