概要: フレックスタイム制を導入している企業にお勤めの方、必見！賃金計算の基本から、固定残業代、総労働時間の不足・超過、深夜労働、残業代、そして年次有給休暇の扱いまで、疑問を分かりやすく解説します。あなたの働き方と賃金への理解を深めましょう。
フレックスタイム制は、労働者が始業・終業時刻を柔軟に決められる、魅力的な働き方です。
しかし、残業代や年次有給休暇（年休）、深夜労働に関する賃金計算は、通常の労働時間制度とは異なる点が多いため、理解しておくことが重要です。
この記事では、フレックスタイム制における賃金計算の具体的な疑問を解消し、知っておくべきポイントを解説します。
フレックスタイム制における賃金計算の基本
フレックスタイム制の基本概念と清算期間
フレックスタイム制では、あらかじめ定められた清算期間（最長3ヶ月）内で、労働者が自由に労働時間を調整できます。
この制度の根幹は、一定期間の総労働時間を守りつつ、日々の出退勤を柔軟にすることにあります。
清算期間を設定することで、特定の日に長く働いても、別の日に短くすることで期間内の総労働時間を調整できるのが特徴です。
法定労働時間の総枠とは？残業発生のメカニズム
フレックスタイム制における残業（法定時間外労働）は、1日8時間や週40時間を超えたからといってすぐに発生するわけではありません。
重要なのは、清算期間全体で定められた「法定労働時間の総枠」を超過したかどうかです。
この総枠を超過した分が、初めて法定時間外労働として割増賃金の支払い対象となります。
例えば、1ヶ月清算期間の場合、法定労働時間の総枠は「週の法定労働時間（40時間）×清算期間の歴日数／7日」で算出されます。
総労働時間不足・超過時の賃金はどうなる？
清算期間の総労働時間が法定労働時間の総枠に満たない場合、企業によっては不足分の賃金を翌月に繰り越したり、賃金から控除したりすることがあります。
逆に超過した場合は、その超過分が法定時間外労働として、25%以上の割増賃金が支払われることになります。
この超過分は、翌清算期間に繰り越すことはできず、必ず当期間の賃金として精算・支払う必要があります。
固定残業代との関係性と注意点
フレックスタイム制における固定残業代の考え方
フレックスタイム制でも、固定残業代（みなし残業代）を導入することは可能です。
これは、あらかじめ一定の残業時間分を基本給に含めて支払う制度で、労働時間の柔軟性と固定給の安定性を両立させる目的で採用されます。
ただし、固定残業代が有効とされるには、その時間が何時間分か、賃金構成が明確である必要があります。
「みなし残業」の有効性と計算方法
固定残業代は、支払われた金額が特定の残業時間分に対する対価であることが労働契約や就業規則で明確に定められていなければなりません。
フレックスタイム制の場合も、このみなし残業時間を清算期間の総労働時間から差し引いて計算し、実際にそれを超えた場合には別途追加で残業代を支払う必要があります。
無条件に「残業代込み」とするだけでは不十分です。
固定残業代を超える残業が発生した場合の対応
清算期間を通して、固定残業代で設定された「みなし残業時間」を実際に超えて労働した場合は、その超過分に対する残業代を別途支払う義務があります。
例えば、20時間分の固定残業代が設定されていて、実際の残業時間が30時間だった場合、追加で10時間分の残業代を支払う必要があります。
この精算を怠ると、未払い賃金の問題に発展する可能性があるため注意が必要です。
総労働時間不足・超過時の賃金はどうなる？
清算期間の総労働時間不足時の賃金処理
清算期間において、労働者が働いた時間が法定労働時間の総枠に満たなかった場合、その不足分については原則として賃金が支払われません。
ただし、労使協定によって、その不足分を翌清算期間に繰り越して労働することを可能とする場合がありますが、賃金カットとなることが多いです。
会社側は、不足分の労働時間を補う機会を提供する義務はないため、自己責任として賃金が減額される可能性があります。
清算期間の総労働時間超過時の賃金処理
清算期間内の総労働時間が法定労働時間の総枠を超過した場合、その超過分は法定時間外労働として扱われ、賃金が支払われます。
この超過分には、原則として25%以上の割増賃金が適用されます。
重要なのは、超過分を翌清算期間に繰り越して調整することは認められていないという点です。発生した期間に必ず精算し、賃金として支払う必要があります。
月ごとの週平均50時間超の労働時間と賃金
清算期間が1ヶ月を超えるフレックスタイム制の場合、清算期間全体の総枠だけでなく、月ごとに週平均50時間を超える労働があった場合も注意が必要です。
この週平均50時間を超えた労働時間については、清算期間の最終的な総枠の計算を待たず、その月の賃金として25%以上の割増賃金が支払われます。
これは、労働者の健康保護の観点から設けられた特例措置です。
深夜労働・残業代の計算方法
フレックスタイム制における深夜労働の割増賃金
フレックスタイム制であっても、深夜（午後10時から午前5時）に労働した場合には、通常の労働時間制度と同様に25%以上の割増賃金が支払われます。
これは、コアタイムやフレキシブルタイムの設定に関わらず適用される労働基準法の原則です。
例えば、午前3時まで作業を行った場合、午後10時から午前3時までの5時間に対しては、通常賃金に加えて25%の割増が適用されます。
残業と深夜労働が重複する場合の割増率
法定時間外労働と深夜労働が重複する場合、それぞれの割増率が加算されます。
具体的には、法定時間外労働（25%以上）と深夜労働（25%以上）が重なると、合計で50%以上の割増率となります。
さらに、法定休日の深夜に残業した場合は、法定休日労働（35%以上）と深夜労働（25%以上）が加算され、合計60%以上の割増率が適用されることになります。
月60時間超の残業と割増賃金率の特例
2023年4月以降、月60時間を超える時間外労働には、大企業・中小企業問わず一律で50%以上の割増率が適用されるようになりました。
この規制はフレックスタイム制にも適用され、清算期間内の時間外労働が月60時間を超えた場合、その超えた部分に対して50%以上の割増賃金が必要です。
もし、月60時間を超える時間外労働が深夜労働と重複した場合、75%以上（50%＋25%）の割増賃金が必要となります。
年次有給休暇（年休）取得時の賃金と注意点
年休取得時の賃金計算の原則
年次有給休暇（年休）を取得した場合、その日は実際に労働した時間として扱われず、実労働時間には含まれません。
賃金計算上は、労使協定で定められた「標準となる1日の労働時間」を労働したものとして賃金が支払われます。
例えば、標準労働時間が8時間と定められていれば、8時間分の賃金が支給されます。
年休が残業時間計算に与える影響
年休は実労働時間に含まれないため、年休を取得した日は清算期間の総労働時間の計算には加算されません。
これにより、清算期間の総労働時間が法定労働時間の総枠を下回ることもあり得ます。
しかし、年休取得によって総労働時間が減少したとしても、それが直接的に残業代の計算に影響を与えるわけではなく、あくまで「実労働時間」を基準に計算される点に注意が必要です。
年休取得と「標準となる1日の労働時間」
フレックスタイム制で年休を取得した場合の賃金は、「標準となる1日の労働時間」に基づいて支払われます。
この「標準となる1日の労働時間」は、一般的に就業規則や労使協定で定められており、残業時間の計算には含められません。
たとえば、1日の標準労働時間が7.5時間と定められていれば、年休1日につき7.5時間分の賃金が支払われることになります。
フレックスタイム制は、働き方に自由をもたらす一方で、賃金計算には特有のルールや複雑さが伴います。
残業代、深夜労働、年休に関する正確な知識は、労働者にとっても企業にとっても不可欠です。
不明な点があれば、専門家や労働基準監督署に相談し、適切な運用を心がけましょう。
まとめ
よくある質問
Q: フレックスタイム制の基本的な賃金計算方法は？
A: コアタイムとフレキシブルタイムを考慮し、総労働時間に対して所定労働時間分の賃金が支払われます。超過・不足分については別途規定に基づき計算されます。
Q: 固定残業代がある場合、フレックスタイム制の賃金計算はどうなりますか？
A: 固定残業代の対象となる残業時間と、フレックスタイム制での実際の総労働時間を比較し、超過分があれば追加で残業代が支払われます。未達の場合は、固定残業代が満額支払われない可能性もあります。
Q: 清算期間内に総労働時間が不足した場合、賃金はどうなりますか？
A: 不足した時間分の賃金は控除されるのが一般的ですが、就業規則や雇用契約によります。不足分を翌月に繰り越せる場合もあります。
Q: 深夜労働や法定時間外労働（超過勤務）の割増賃金はどのように計算されますか？
A: 深夜労働は2割5分増、法定時間外労働は2割増（月60時間超は5割増）などの割増率が適用されます。フレックスタイム制でも、これらの法定割増賃金は別途計算して支払われます。
Q: 年次有給休暇（年休）を取得した場合、賃金はどうなりますか？
A: 年次有給休暇を取得した日は、原則として所定労働時間分の賃金が支払われます。これは、出勤した日と同じように扱われます。
