インボイス制度の移行措置と期間について徹底解説

インボイス制度の移行措置とは？いつまで続く？

2023年10月1日から導入されたインボイス制度は、消費税の仕入れ税額控除に関する新しいルールです。この制度では、仕入れ税額控除を受けるために「適格請求書（インボイス）」の保存が原則として必要となります。しかし、制度開始に伴う事業者への影響を緩和するため、「移行措置（経過措置）」が設けられました。

この移行措置は、特に免税事業者からの仕入れに関する激変緩和を目的としています。免税事業者からの仕入れは、原則として仕入れ税額控除の対象外となるため、課税事業者の消費税負担が増加する可能性がありました。そこで、一定期間、免税事業者からの仕入れについても仕入れ税額控除が認められることになったのです。

移行措置（経過措置）の目的と概要

インボイス制度の導入は、特にこれまで消費税の納税義務がなかった免税事業者や、彼らと取引がある課税事業者に大きな影響を与えます。免税事業者からの仕入れについては、原則として課税事業者は仕入れ税額控除を受けられなくなるため、その分、納税額が増加する形になります。

この急激な変化による事業活動への影響を和らげるために導入されたのが「移行措置（経過措置）」です。この措置により、免税事業者からの仕入れであっても、一定期間は仕入れ税額相当額の一部を控除することが認められます。

具体的には、2023年10月1日から2029年9月30日までの約6年間、段階的に仕入れ税額控除の割合が設定されています。これにより、事業者は新しい制度への適応期間を確保し、取引関係や会計処理を見直す猶予が与えられることになります。

この措置は、インボイス制度が円滑に社会に浸透し、事業者間の混乱を最小限に抑えるための重要な役割を担っています。（参考情報より）

適用される期間と控除率の詳細

インボイス制度の移行措置は、以下の2つの期間に分けて、異なる控除割合が適用されます。

• 第1期間：2023年10月1日～2026年9月30日
  • 免税事業者からの仕入れにかかる消費税額の80%を控除可能です。
• 第2期間：2026年10月1日～2029年9月30日
  • 免税事業者からの仕入れにかかる消費税額の50%を控除可能です。

この移行措置は、2029年9月30日をもって完全に終了します。つまり、この期間以降は、免税事業者からの仕入れについては、原則として仕入れ税額控除が一切受けられなくなります。課税事業者は、現在の取引先が免税事業者である場合、これらの期間と控除割合を理解し、今後の取引方針を検討する必要があります。

特に、制度開始直後の80%控除期間は、事業者がインボイス制度に慣れるための重要な期間と位置付けられます。段階的に控除率が引き下げられることで、免税事業者との取引におけるコストが徐々に増加していくことを意識し、早めの対応が求められます。（参考情報より）

移行措置適用時の帳簿記載要件

移行措置（経過措置）を適用して免税事業者からの仕入れにかかる消費税額の一部を控除する場合、課税事業者には帳簿への特別な記載が求められます。

具体的には、以下の項目を帳簿に記載する必要があります。

• 「経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨」
• 取引先名
• 取引年月日
• 取引内容
• 取引金額

「経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨」の記載については、厳密な形式は求められていません。例えば、「80％控除対象」や「免税事業者からの仕入れ」といった具体的な記載方法のほか、※印を記載し、帳簿の余白や別途添付する資料に注釈として詳細を記す方法でも問題ありません。

重要なのは、後から見てどの取引が経過措置の対象であったかを明確に識別できるようにすることです。これらの要件を満たさない場合、経過措置の適用が認められず、仕入れ税額控除が受けられなくなる可能性もあるため、経理担当者は細心の注意を払って対応する必要があります。（参考情報より）

「2年縛り」から「5年」まで。インボイス制度の段階的な移行期間

インボイス制度は、導入当初から急激な変化を避けるために、複数年にわたる段階的な移行措置が設けられています。特に、免税事業者からの仕入れにかかる仕入れ税額控除の割合が、時間を追って変化していくのが特徴です。

この段階的な移行期間は、事業者が制度に適応し、取引関係を見直すための猶予期間として機能します。初めの3年間は80%控除、次の3年間は50%控除と、合計約6年間の経過措置期間が設定されています。

導入初期の80%控除期間（2023年10月～2026年9月）

インボイス制度が始まった2023年10月1日から2026年9月30日までの3年間は、免税事業者からの仕入れについて、その仕入れにかかる消費税額の80%が仕入れ税額控除の対象となります。

この期間は、インボイス制度導入直後の混乱を避けるための「慣らし運転」のような期間と捉えることができます。課税事業者にとっては、免税事業者との取引をすぐに変更する必要がなく、一定の負担軽減を受けながら、今後の対応をじっくり検討できる猶予が与えられています。

例えば、これまで取引していた免税事業者がインボイス発行事業者になるかどうかの判断を待ったり、新しい取引先を探したりする時間があります。この期間中に、仕入れ先との交渉や、自社の会計システムの見直しなどを進めることが重要です。80%控除はあくまで一時的な措置であり、永久に続くものではないことを常に意識しておく必要があります。（参考情報より）

中期の50%控除期間（2026年10月～2029年9月）

80%控除期間が終了すると、2026年10月1日から2029年9月30日までの3年間は、免税事業者からの仕入れにかかる消費税額の50%が仕入れ税額控除の対象となります。

控除率が80%から50%に引き下げられることで、課税事業者が免税事業者から仕入れる際の負担はさらに増加します。これは、免税事業者との取引を継続することに対するインセンティブがさらに小さくなることを意味します。この段階になると、多くの課税事業者は、仕入れ税額控除のメリットを最大限に享受するため、適格請求書発行事業者からの仕入れを優先する傾向が強まるでしょう。

免税事業者にとっても、この期間はインボイス発行事業者への転換を検討する最終段階と言えます。50%控除期間を通じて、課税事業者と免税事業者の取引関係はより明確な選択を迫られることになります。事業者は、この期間の到来に備え、遅くとも2026年までには、取引先との関係や自身の事業戦略について具体的な結論を出しておく必要があります。（参考情報より）

移行期間中に活用したいその他の負担軽減策

インボイス制度の移行期間中には、経過措置以外にも、事業者負担を軽減するための特例措置がいくつか設けられています。これらを上手に活用することで、制度への対応をよりスムーズに進めることができます。

一つは、「2割特例」です。これは、インボイス制度を機に免税事業者からインボイス発行事業者になった事業者を対象とした特例で、納付する消費税額を、売上税額の2割に軽減できる制度です。適用期間は2023年10月1日～2026年9月30日までの課税期間で、特別な届出は不要で確定申告時に選択できます。小規模事業者にとっては大きなメリットとなります。（参考情報より）

もう一つは、「少額特例（インボイス少額特例）」です。税込1万円未満の課税仕入れについては、インボイスがなくても帳簿のみの保存で仕入れ税額控除を認める制度です。対象者は課税売上高が1億円以下、または特定期間における課税売上高が5,000万円以下の事業者で、適用期間は2023年10月1日～2029年9月30日です。少額の取引が多い事業者にとっては、経理処理の負担軽減に繋がります。（参考情報より）

これらの特例は、経過措置と併用できない場合や、適用期間が異なる場合があるため、自社の状況に合わせて最適なものを選択し、活用することが重要です。

2025年10月以降の注意点：9月分の請求書と10月支払いのインボイス

インボイス制度の移行措置における控除率の変更は、会計年度や月の締め日によって複雑な影響を及ぼす可能性があります。特に、2025年9月30日に80%控除期間が終了し、翌10月1日から50%控除期間に切り替わる際には、細心の注意が必要です。

月締めでの取引が多い企業では、9月分の請求書が10月に発行・支払いとなるケースも少なくありません。このような状況において、どの控除率を適用すべきか、経理担当者は正確な知識を持って対応する必要があります。

2025年9月までの取引と80%控除の適用

インボイス制度の経過措置において、仕入れ税額控除の適用を受ける際の控除率は、課税仕入れを行った日を基準に判断されます。したがって、2025年9月30日までに発生した免税事業者からの課税仕入れについては、たとえその請求書の受領や支払いが2025年10月1日以降になったとしても、80%控除が適用されます。

例えば、9月20日に免税事業者から商品を仕入れ、その請求書が10月5日に届き、10月20日に支払った場合でも、仕入れ日は9月20日であるため80%控除が適用されます。経理システムや帳簿付けにおいては、仕入れ日を正確に把握し、適切な控除率を適用することが不可欠です。

特に、月をまたぐ取引や、検収日と仕入れ日が異なる契約形態の場合、日付の管理がより重要になります。課税事業者は、仕入れ先から提供される請求書や納品書に記載されている日付を細かくチェックし、いつの仕入れが80%控除の対象となるのかを明確にしておく必要があります。（参考情報より）

2025年10月1日以降の50%控除への切り替わり

2025年10月1日以降に発生する免税事業者からの課税仕入れについては、その仕入れにかかる消費税額の50%のみが仕入れ税額控除の対象となります。これは、日付が切り替わった瞬間から適用されるため、経理処理の際には厳密な日付管理が求められます。

例えば、9月30日に仕入れた商品は80%控除、しかし同じ仕入れ先から10月1日に仕入れた商品は50%控除となります。このように、たった1日の違いで控除率が大きく変わるため、事業者は、仕入れの都度、日付と取引相手が免税事業者であるか否かを確認し、適切な会計処理を行う必要があります。

特に、継続的なサービスや役務の提供を受けている場合など、仕入れの計上基準が「月次でまとめて」となっている場合は注意が必要です。月初の数日間に発生した仕入れが50%控除の対象となるため、これまで以上に細かく期間を区切って仕入れを計上するなどの対応が必要になる可能性もあります。（参考情報より）

会計処理とシステム対応の準備

2025年10月1日の控除率変更は、課税事業者の会計処理に大きな影響を及ぼします。これに備えて、早めに以下の準備を進めることが重要です。

まず、会計システムの改修または設定変更が必要になります。仕入れの日付に基づいて自動的に控除率を判別し、適切な仕訳を生成できるようにシステムのアップデートを行うことが望ましいです。手作業での対応は、ミスの原因となりかねません。

次に、経理部門への徹底した情報共有と研修が不可欠です。控除率の切り替わり、そしてその判断基準（仕入れ日基準）を明確に周知し、具体的な仕訳処理の例などを交えながら理解を深める必要があります。疑問点が解消されるよう、税理士などの専門家を交えた勉強会も有効でしょう。

さらに、仕入れ先である免税事業者との連携も重要です。どの取引が免税事業者からのものかを正確に識別できるように、事前の確認や、必要であれば取引形態の見直しも検討するべきです。これらの準備を怠ると、経理処理の混乱や、誤った申告に繋がるリスクがあるため、計画的に進めることが求められます。（参考情報より）

インボイス制度、2026年以降の移行期間と今後の見通し

インボイス制度の移行措置は段階的に進みますが、2026年10月は特に重要な節目となります。この時期には、免税事業者からの仕入れにかかる控除率が80%から50%に引き下げられるだけでなく、インボイス発行事業者になった小規模事業者を対象とした「2割特例」も終了します。

これらの変化は、課税事業者と免税事業者の双方にとって、取引関係や事業運営のあり方を根本的に見直すきっかけとなるでしょう。制度の完全移行に向けて、事業者はこの期間をどのように乗り越えるべきか、具体的な戦略を立てる必要があります。

2026年10月から始まる50%控除期間の重要性

2026年10月1日からは、免税事業者からの仕入れにかかる仕入れ税額控除の割合が50%に減少します。これは、80%控除期間と比較して、課税事業者が免税事業者との取引を続ける上での負担が、さらに大きくなることを意味します。

この段階に入ると、課税事業者側は、免税事業者からの仕入れを選ぶ経済的なメリットがさらに薄くなります。結果として、適格請求書発行事業者との取引を優先する傾向が強まり、免税事業者にとっては取引継続の困難さが増す可能性があります。例えば、これまでは80%控除があったため、免税事業者から仕入れてもさほど負担は大きくありませんでしたが、50%控除となると、実質的なコストが倍増することになります。

事業者は、この50%控除期間が始まるまでに、自社の仕入れ先の状況を再評価し、免税事業者との取引を継続するか、あるいは他のインボイス発行事業者への切り替えを検討する具体的な判断を下す必要に迫られるでしょう。価格交渉を含めた取引条件の見直しも、この時期には不可欠となります。（参考情報より）

2026年9月までの「2割特例」の終了と影響

インボイス制度への移行を機に、免税事業者からインボイス発行事業者になった小規模事業者を対象とした「2割特例」は、2026年9月30日までの課税期間で終了します。この特例は、納税額を売上税額の2割に軽減できる非常に手厚い措置であり、多くの小規模事業者がインボイス発行事業者になる後押しとなりました。

特例が終了すると、これまで2割特例を適用していた事業者は、原則課税または簡易課税制度のいずれかに移行して消費税を計算する必要があります。これにより、納税額がこれまでよりも大幅に増加する可能性があります。例えば、2割特例で納付額が売上の2%だった事業者は、原則課税や簡易課税に移行すると、経費の控除割合や課税売上高に応じた納税額に変わります。

特例終了に備え、対象事業者は、遅くとも2026年までには自社の会計状況を詳細に分析し、簡易課税制度への切り替えなど、今後の最適な課税方式を検討する必要があります。また、簡易課税制度を選択する場合は、事前に届出書の提出が必要となるため、計画的な準備が求められます。（参考情報より）

制度完全移行に向けた事業戦略の見直し

2026年以降の段階的な移行期間を経て、最終的には2029年9月30日で全ての移行措置が終了します。この完全移行を見据え、事業者は、自身のビジネスモデル全体にわたる広範な事業戦略の見直しを進める必要があります。

これには、仕入れ先との関係性の再構築が最も重要です。免税事業者との取引が多い企業は、取引継続の可否、取引価格の見直し、またはインボイス発行事業者への転換要請などを具体的に検討し、実行に移す必要があります。また、自社の販売戦略においても、価格設定や顧客へのインボイス提供体制を整える必要があるでしょう。

加えて、自社の消費税の課税方式（原則課税か簡易課税か）の選択も再度検討する時期に来ています。特に、2割特例が終了する小規模事業者は、簡易課税制度の適用条件やメリット・デメリットを詳細に評価し、最適な選択をすることが求められます。税理士などの専門家と連携し、長期的な視点での事業計画を立てることが、制度の完全移行をスムーズに乗り切るための鍵となります。（参考情報より）

インボイス制度の終了時期はいつ？～2029年以降の可能性

インボイス制度自体が終了することはありませんが、免税事業者からの仕入れに関する経過措置は、導入から約6年後の2029年9月30日をもって完全に終了します。この日をもって、インボイス制度は全ての事業者に本格的に適用されることになり、制度の目的である「複数税率下での適正な課税」が完全に機能し始めます。

この完全移行後は、免税事業者との取引における仕入れ税額控除は一切認められなくなるため、課税事業者と免税事業者双方にとって、その影響はより明確なものとなります。事業者は、この最終期限を見据え、今から準備を進める必要があります。

移行措置の完全終了：2029年9月30日

インボイス制度の免税事業者からの仕入れに関する経過措置は、2029年9月30日をもって完全に終了します。この日以降は、免税事業者から課税仕入れを行ったとしても、仕入れ税額控除は一切認められません。

これは、課税事業者にとって、免税事業者との取引が「仕入れ税額控除を受けられない取引」として認識されることを意味します。結果として、免税事業者との取引を続ける場合、課税事業者の消費税負担が直接的に増加することになります。このため、多くの課税事業者は、適格請求書発行事業者からの仕入れを優先する傾向がさらに強まるでしょう。

この期限が近づくにつれて、免税事業者にとっては、インボイス発行事業者になるかどうかの最終的な決断が迫られます。取引先からの要請や、自社の事業継続性を考慮し、慎重な判断が求められるでしょう。2029年10月1日からは、いよいよインボイス制度がその本来の形で運用されることになります。（参考情報より）

2029年以降の制度の姿と免税事業者の選択肢

2029年10月1日以降は、インボイス制度の経過措置が終了し、免税事業者からの仕入れは全面的に仕入れ税額控除の対象外となります。この段階では、課税事業者にとって、適格請求書発行事業者との取引は消費税の負担を軽減する上で不可欠となります。

これにより、免税事業者にはより明確な選択肢が迫られます。一つは、インボイス発行事業者として登録し、課税事業者になることです。これによって取引先である課税事業者は仕入れ税額控除を受けられるため、取引関係を維持しやすくなります。ただし、消費税の納税義務が発生し、経理処理の負担が増えることになります。

もう一つの選択肢は、免税事業者のままで事業を継続することです。この場合、課税事業者との取引においては、仕入れ税額控除の対象とならない分、取引価格の値下げを求められるなどの影響が出る可能性があります。自社の事業規模、取引先の状況、そして将来的な展望を踏まえ、慎重に判断する必要があります。中小企業庁や税務署は、制度の定着に向けて引き続き情報提供や相談対応を行うと見られます。（参考情報より）

今後の動向と企業が備えるべきこと

2029年9月30日をもってインボイス制度の移行措置が終了した後も、消費税制度全体の安定的な運用は続きます。政府や税務当局は、制度の運用状況や経済情勢に応じて、さらなる微調整や見直しを行う可能性もゼロではありません。

企業としては、常に最新の税制改正情報にアンテナを張り、自社のビジネスモデルや取引形態に合わせて柔軟に対応していく姿勢が重要です。特に、国際的な税制動向や、国内の経済状況が消費税制度に影響を与える可能性も考慮に入れるべきでしょう。

具体的には、税理士や会計士といった専門家との連携を継続し、定期的に自社の税務戦略を見直すことが不可欠です。また、経理部門だけでなく、営業部門や購買部門など、事業に関わる全ての部署がインボイス制度への理解を深め、全社的な体制で対応していくことが、今後も求められます。適切な準備と継続的な情報収集こそが、制度の完全定着後も安定した事業運営を維持するための鍵となります。（参考情報より）